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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助！无参转录组中挑出来的一段序列应该怎么进行后续的实验
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灵犀从蕾

新虫 (正式写手)

[求助] 求助！无参转录组中挑出来的一段序列应该怎么进行后续的实验

各位科研大佬们，求助一下！！
我现在研究的昆虫在NCBI上还没有完整的基因组，搜索我所研究的昆虫也几乎没有什么基因，但是同一个目 的昆虫有比较深入的研究了。这是前提。
正在着手测基因组，但前期测了一个无参的转录组，从中挑选并得到一段序列，公司标注这是cds区的序列
1、我可以利用这段序列用DNAMAN翻译成氨基酸序列并进行后续的预测吗？这准确吗？
2、我用DNAMAN翻译的序列和用NCBI上查到的ORF区序列不太一样，我后续预测理化性质什么的话，我用哪一段比较好呢？
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1楼 2022-06-30 15:54:50
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YU_DG

木虫 (正式写手)
自己做一个全基因组测序，发一篇好文章呀

发自小木虫Android客户端
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2楼2022-06-30 16:14:37
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灵犀从蕾

新虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liudayeye at 2022-06-30 16:14:37
自己做一个全基因组测序，发一篇好文章呀

谢谢你，我已经在准备做全基因组了，但前期只做了转录组所以只能根据转录组挑选基因来进行RNA干扰，不知道我以上问题有无好的解答呢？
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3楼2022-06-30 16:26:35
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过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)
能用这段CDS序列扩增该基因的全长吗，有了全长在设计RNA干扰序列的话效果会好很多
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once you've accepted your flaws, no one can use them against you.
4楼2022-07-02 09:17:52
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灵犀从蕾

新虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 过烟云烟 at 2022-07-02 09:17:52
能用这段CDS序列扩增该基因的全长吗，有了全长在设计RNA干扰序列的话效果会好很多

因为是无参的，而且查了一下转录组出来的这段序列好像不能确定这是cds序列了...
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5楼2022-07-02 09:38:23
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过烟云烟

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 灵犀从蕾 at 2022-07-02 13:38:23
因为是无参的，而且查了一下转录组出来的这段序列好像不能确定这是cds序列了......

我说说我的观点，也可能不太对，你参考一下。我老板以前说只要CDS是这个基因就行。比如：转录组中得到的这段序列你比对后是MAPK这个基因的，物种只要近缘物种就行。那么你拿到的这个序列就有80%的可能性是你要的物种的目的序列。然后去用RACE扩拉全长。因为没有参考基因组，想进一步确认的话好像没什么更好的办法。
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once you've accepted your flaws, no one can use them against you.
6楼2022-07-04 14:56:05
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