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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 单晶存在B错误同时也没判断出来绝对构型，寻求帮助
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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 单晶存在B错误同时也没判断出来绝对构型，寻求帮助 已有1人参与

新测了一个单晶，想要判断化合物的绝对构型，check结果显示有B错误，同时Flack parameter数值较大无法判断手性，麻烦各位给解决一下，非常感谢！
化合物结构及单晶数据请查阅百度网盘。链接: https://pan.baidu.com/s/1LCfmu6eNY2ir0mLJ3iUiJg?pwd=yngp 提取码: yngp 复制这段内容后打开百度网盘手机App，操作更方便哦@jackdeng@lich666
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@羊倌 @lnxj99

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金山
1楼 2022-06-05 12:49:46
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 19:45:33
好的，谢谢您...

倒反栾晶，又叫外消旋栾晶，不是内消旋，不好意思打错了；你的晶体是经过表征了，证明是手性纯的嘛？Flack参数x接近于 0.5，现在更流行用Hooft（结构中的Flack是0.65左右，而Hooft是0.57, 更接近0.5，更准确），一个典型的例子发生在具有P21空间群的单斜晶体，在孪晶区具有镜面的对称性。因此，两种光学异构的结构都出现，你的结构刚好是这种情况；精修时一个细节就是：取消你用的AFIX 66后发现苯环上六个碳的振动参数差异很大，并且无序的方向没有规律性，也就直接导致了碳碳精度的问题，这说明了结构不是常规的结构无序振动，而是构型无序，即倒反栾晶，现在的数据质量已经足够判断绝对构型的问题了，更好的情况是等你根据9楼的意见重收好数据后，再做研判
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jinshanli
取次花丛懒回顾，半缘修道半缘君。
12楼2022-06-05 20:03:23
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)
看起来确实像是晶体质量不好，那个B无所谓，需要有原始衍射图判断下。
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jinshanli
2楼2022-06-05 15:22:08
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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)
送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by SAFEEEE at 2022-06-05 15:22:08
看起来确实像是晶体质量不好，那个B无所谓，需要有原始衍射图判断下。

您好，想请教您一下结构有没有问题，不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心，实际上这个化合物就一个手性中心啊
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金山
3楼2022-06-05 15:26:43
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 15:26:43
您好，想请教您一下结构有没有问题，不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心，实际上这个化合物就一个手性中心啊...

你有两个分子在不对称单元啊。你的结构如果晶体质量很好，可以用Mo来确定构型，但是目前看数据高角度衍射很差，应该用Cu测。
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jinshanli
4楼2022-06-05 15:31:35
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