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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 单晶存在B错误同时也没判断出来绝对构型,寻求帮助已有1人参与

新测了一个单晶,想要判断化合物的绝对构型,check结果显示有B错误,同时Flack parameter数值较大无法判断手性,麻烦各位给解决一下,非常感谢!
化合物结构及单晶数据请查阅百度网盘。链接: https://pan.baidu.com/s/1LCfmu6eNY2ir0mLJ3iUiJg?pwd=yngp 提取码: yngp 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦@jackdeng@lich666
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金山
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

引用回帖:
10楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 19:45:33
好的,谢谢您...

倒反栾晶,又叫外消旋栾晶,不是内消旋,不好意思打错了;你的晶体是经过表征了,证明是手性纯的嘛?Flack参数x接近于 0.5,现在更流行用Hooft(结构中的Flack是0.65左右,而Hooft是0.57, 更接近0.5,更准确),一个典型的例子发生在具有P21空间群的单斜晶体,在孪晶区具有镜面的对称性。因此,两种光学异构的结构都出现,你的结构刚好是这种情况;精修时一个细节就是:取消你用的AFIX 66后发现苯环上六个碳的振动参数差异很大,并且无序的方向没有规律性,也就直接导致了碳碳精度的问题,这说明了结构不是常规的结构无序振动,而是构型无序,即倒反栾晶,现在的数据质量已经足够判断绝对构型的问题了,更好的情况是等你根据9楼的意见重收好数据后,再做研判

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取次花丛懒回顾,半缘修道半缘君。
12楼2022-06-05 20:03:23
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

看起来确实像是晶体质量不好,那个B无所谓,需要有原始衍射图判断下。

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2楼2022-06-05 15:22:08
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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by SAFEEEE at 2022-06-05 15:22:08
看起来确实像是晶体质量不好,那个B无所谓,需要有原始衍射图判断下。

您好,想请教您一下结构有没有问题,不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心,实际上这个化合物就一个手性中心啊
金山
3楼2022-06-05 15:26:43
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 15:26:43
您好,想请教您一下结构有没有问题,不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心,实际上这个化合物就一个手性中心啊...

你有两个分子在不对称单元啊。你的结构如果晶体质量很好,可以用Mo来确定构型,但是目前看数据高角度衍射很差,应该用Cu测。

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4楼2022-06-05 15:31:35
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