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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)

[求助] 单晶存在B错误同时也没判断出来绝对构型,寻求帮助已有1人参与

新测了一个单晶,想要判断化合物的绝对构型,check结果显示有B错误,同时Flack parameter数值较大无法判断手性,麻烦各位给解决一下,非常感谢!
化合物结构及单晶数据请查阅百度网盘。链接: https://pan.baidu.com/s/1LCfmu6eNY2ir0mLJ3iUiJg?pwd=yngp 提取码: yngp 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦@jackdeng@lich666
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金山
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卡布奇诺7

至尊木虫 (职业作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 17:46:06
您好,您说的我不太明白,我看到之前论坛中有人说旋光纯化合物不可能产生倒反孪晶,这个化合物只有一个手性中心,怎么会是内消旋啊...

倒反栾晶,也叫外消旋栾晶,不是内消旋,不好意思写错了;你的单晶是经过了表征,确定是手性纯的嘛?Flack参数x接近于 0.5,现在更流行用Hooft值了(这就是为什么你的Flack是0.65左右,而Hooft值是0.57),一个典型的例子发生在具有P21空间群的单斜晶体,在孪晶区具有镜面的对称性。因此,两种光学异构的结构都出现,你的结构刚好属于这种情况;你的数据质量虽然不是很好,但结构中有S原子,对于Mo靶基本可以确定绝对构型的问题了,在精修时我发现你把所有的苯环全部AFIX 66固定了,取消后你可以发现苯环上的碳原子的无序振动没有规律,是各个方向的随机振动,一个苯环上的六个碳,彼此振动参数(椭球)差异很大,也就导致了碳碳精度的问题,这些情况(非常规无序)足以说明了不是结构无序振动的问题,而是构型无序的问题,即倒反栾晶。目前的数据质量已经足够判断问题了,更好的情况是等你根据9楼的意见重测收好数据后,再做研判
取次花丛懒回顾,半缘修道半缘君。
11楼2022-06-05 19:54:09
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

看起来确实像是晶体质量不好,那个B无所谓,需要有原始衍射图判断下。

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2楼2022-06-05 15:22:08
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jinshanli

至尊木虫 (知名作家)

送红花一朵
引用回帖:
2楼: Originally posted by SAFEEEE at 2022-06-05 15:22:08
看起来确实像是晶体质量不好,那个B无所谓,需要有原始衍射图判断下。

您好,想请教您一下结构有没有问题,不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心,实际上这个化合物就一个手性中心啊
金山
3楼2022-06-05 15:26:43
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SAFEEEE

木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by jinshanli at 2022-06-05 15:26:43
您好,想请教您一下结构有没有问题,不知道怎么给出的Check文件显示C9和C42两个手性中心,实际上这个化合物就一个手性中心啊...

你有两个分子在不对称单元啊。你的结构如果晶体质量很好,可以用Mo来确定构型,但是目前看数据高角度衍射很差,应该用Cu测。

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4楼2022-06-05 15:31:35
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