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wkfg

新虫 (初入文坛)

[交流] Pd-DPPF螯合物Gaussian结构优化

Gaussian小白求助
最近想优化DPPF和Pd(OAc)2的螯合物，查了文献发现要用混合基组，但是这一部分没有接触过。查了一下小木虫其他人做的写出了以下输入文件，不知道对不对。
因为混合机组有人写的是b3lyp/gen，还有人写b3lyp/genecp或者b3lyp/gen pseudo=read，目前写成第一种可以计算下去，但是还没有算完。希望大神指点一下这些写法有什么区别，同时看一下我这么写输入文件对不对。本来想放一下gauss view 画的结构，但是点击上传图片没有反应，实在是对不住了。


%chk=D:/Cai/gaussian/Furan Artical/Pd-DPPF.chk
%mem=1GB
%nproc=1

# opt freq b3lyp/gen

title

0 1

C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  1              B3    2              A2    3              D1
C                  4              B4    1              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    1              D3
C                  6              B6    5              A5    4              D4
C                  6              B7    5              A6    4              D5
C                  7              B8    6              A7    5              D6
C                  8              B9    6              A8    5              D7
Fe                 9             B10    7              A9    6              D8
Pd                 1             B11    2             A10    3              D9
O                 12             B12    1             A11    2             D10
O                 12             B13    1             A12    2             D11
C                 13             B14   12             A13    1             D12
O                 15             B15   13             A14   12             D13
C                 14             B16   12             A15    1             D14
O                 17             B17   14             A16   12             D15
C                 15             B18   13             A17   12             D16
H                 19             B19   15             A18   13             D17
H                 19             B20   15             A19   13             D18
H                 19             B21   15             A20   13             D19
C                 19             B22   15             A21   13             D20
H                 23             B23   19             A22   15             D21
H                 19             B24   15             A23   13             D22
H                 19             B25   15             A24   13             D23

   B1             1.48193120
   B2             1.38379624
   B3             1.48146474
   B4             1.38372071
   B5             3.43192569
   B6             1.38224965
   B7             1.48650858
   B8             1.47915197
   B9             1.38292968
   B10            2.15774562
   B11            2.17519582
   B12            1.94000000
   B13            1.94000000
   B14            1.43000000
   B15            1.25840000
   B16            1.43000000
   B17            1.25840000
   B18            1.54000000
   B19            1.07000000
   B20            1.07000000
   B21            1.07000000
   B22            3.33290692
   B23            1.07000000
   B24            2.60277666
   B25            3.95106972
   A1           117.95612818
   A2            93.09498549
   A3           118.27987077
   A4            80.51882551
   A5            80.22491113
   A6            90.19610491
   A7           117.99822155
   A8           103.93841516
   A9            59.23246337
   A10          115.47097779
   A11          113.87300177
   A12          116.48312337
   A13          109.47122063
   A14          120.00000000
   A15          109.47122063
   A16          120.00000000
   A17          120.00000000
   A18          109.47122063
   A19          109.47122063
   A20          109.47122063
   A21           70.52936823
   A22          129.58891871
   A23           82.21695687
   A24           80.42015143
   D1            16.44059389
   D2           -16.50729926
   D3            99.12701850
   D4             0.70075937
   D5          -103.45690189
   D6           -99.49752318
   D7            80.04534697
   D8            67.52764485
   D9           136.28990203
   D10         -174.74631147
   D11           65.49379626
   D12         -130.18186358
   D13           90.00000000
   D14           89.56736649
   D15          -30.00000000
   D16          -90.00000000
   D17           90.00000000
   D18         -150.00000000
   D19          -30.00000000
   D20          131.37680951
   D21           67.05203180
   D22          141.49577983
   D23          121.38559077

C 0
6-31g(d,p)
****
H 0
6-31g(d,p)
****
O 0
6-31g(d,p)
****
Fe 0
6-31g(d,p)
****

Pd 0
lanl2dz
****
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1楼 2022-05-05 21:17:57
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paramecium86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wkfg(金币+2): 谢谢参与
wkfg: 金币+10 2022-05-06 09:50:41
混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分 一个是基组部分 一个赝势部分都要书写

3. 基组部分 写在前面  每一个基组后要用**** 即使是最后一个基组也要写****, 不同基组之间不要空行。且使用相同基组的原子可以写在一起。

4. 赝势和基组部分之间要有空行

5. 赝势部分不要写****



所以综上所述你的输入文件应该写成
%chk=d:/cai/gaussian/furan artical/pd-dppf.chk
%mem=1gb
%nproc=1

# opt freq b3lyp/genecp

title

0 1

c
c                  1              b1
c                  2              b2    1              a1
c                  1              b3    2              a2    3              d1
c                  4              b4    1              a3    2              d2
c                  5              b5    4              a4    1              d3
c                  6              b6    5              a5    4              d4
c                  6              b7    5              a6    4              d5
下面坐标我省略了

pd 0
lanl2dz
****
c h o fe 0
6-31g(d,p)
****

pd 0
lanl2dz
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wkfg
4楼2022-05-05 22:23:54
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wkfg

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2022-05-05 22:23:54
混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分 一个是基组部分 一个赝势部分都要书写

3. 基组部分 写在前面  每 ...

懂了，谢谢版主，刚刚查了一下才知道gen是混合基组 genecp和gen pseudo=read才是混合+赝势
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6楼2022-05-06 09:49:46
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