应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » Pd-DPPF螯合物Gaussian结构优化
71/1返回列表
查看: 589  |  回复: 6
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

wkfg

新虫 (初入文坛)

[交流] Pd-DPPF螯合物Gaussian结构优化

Gaussian小白求助
最近想优化DPPF和Pd(OAc)2的螯合物，查了文献发现要用混合基组，但是这一部分没有接触过。查了一下小木虫其他人做的写出了以下输入文件，不知道对不对。
因为混合机组有人写的是b3lyp/gen，还有人写b3lyp/genecp或者b3lyp/gen pseudo=read，目前写成第一种可以计算下去，但是还没有算完。希望大神指点一下这些写法有什么区别，同时看一下我这么写输入文件对不对。本来想放一下gauss view 画的结构，但是点击上传图片没有反应，实在是对不住了。


%chk=D:/Cai/gaussian/Furan Artical/Pd-DPPF.chk
%mem=1GB
%nproc=1

# opt freq b3lyp/gen

title

0 1

C
C                  1              B1
C                  2              B2    1              A1
C                  1              B3    2              A2    3              D1
C                  4              B4    1              A3    2              D2
C                  5              B5    4              A4    1              D3
C                  6              B6    5              A5    4              D4
C                  6              B7    5              A6    4              D5
C                  7              B8    6              A7    5              D6
C                  8              B9    6              A8    5              D7
Fe                 9             B10    7              A9    6              D8
Pd                 1             B11    2             A10    3              D9
O                 12             B12    1             A11    2             D10
O                 12             B13    1             A12    2             D11
C                 13             B14   12             A13    1             D12
O                 15             B15   13             A14   12             D13
C                 14             B16   12             A15    1             D14
O                 17             B17   14             A16   12             D15
C                 15             B18   13             A17   12             D16
H                 19             B19   15             A18   13             D17
H                 19             B20   15             A19   13             D18
H                 19             B21   15             A20   13             D19
C                 19             B22   15             A21   13             D20
H                 23             B23   19             A22   15             D21
H                 19             B24   15             A23   13             D22
H                 19             B25   15             A24   13             D23

   B1             1.48193120
   B2             1.38379624
   B3             1.48146474
   B4             1.38372071
   B5             3.43192569
   B6             1.38224965
   B7             1.48650858
   B8             1.47915197
   B9             1.38292968
   B10            2.15774562
   B11            2.17519582
   B12            1.94000000
   B13            1.94000000
   B14            1.43000000
   B15            1.25840000
   B16            1.43000000
   B17            1.25840000
   B18            1.54000000
   B19            1.07000000
   B20            1.07000000
   B21            1.07000000
   B22            3.33290692
   B23            1.07000000
   B24            2.60277666
   B25            3.95106972
   A1           117.95612818
   A2            93.09498549
   A3           118.27987077
   A4            80.51882551
   A5            80.22491113
   A6            90.19610491
   A7           117.99822155
   A8           103.93841516
   A9            59.23246337
   A10          115.47097779
   A11          113.87300177
   A12          116.48312337
   A13          109.47122063
   A14          120.00000000
   A15          109.47122063
   A16          120.00000000
   A17          120.00000000
   A18          109.47122063
   A19          109.47122063
   A20          109.47122063
   A21           70.52936823
   A22          129.58891871
   A23           82.21695687
   A24           80.42015143
   D1            16.44059389
   D2           -16.50729926
   D3            99.12701850
   D4             0.70075937
   D5          -103.45690189
   D6           -99.49752318
   D7            80.04534697
   D8            67.52764485
   D9           136.28990203
   D10         -174.74631147
   D11           65.49379626
   D12         -130.18186358
   D13           90.00000000
   D14           89.56736649
   D15          -30.00000000
   D16          -90.00000000
   D17           90.00000000
   D18         -150.00000000
   D19          -30.00000000
   D20          131.37680951
   D21           67.05203180
   D22          141.49577983
   D23          121.38559077

C 0
6-31g(d,p)
****
H 0
6-31g(d,p)
****
O 0
6-31g(d,p)
****
Fe 0
6-31g(d,p)
****

Pd 0
lanl2dz
****
回复此楼

» 猜你喜欢

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴
1楼2022-05-05 21:17:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wkfg(金币+2): 谢谢参与
wkfg: 金币+10 2022-05-06 09:50:41
混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分 一个是基组部分 一个赝势部分都要书写

3. 基组部分 写在前面  每一个基组后要用**** 即使是最后一个基组也要写****, 不同基组之间不要空行。且使用相同基组的原子可以写在一起。

4. 赝势和基组部分之间要有空行

5. 赝势部分不要写****



所以综上所述你的输入文件应该写成
%chk=d:/cai/gaussian/furan artical/pd-dppf.chk
%mem=1gb
%nproc=1

# opt freq b3lyp/genecp

title

0 1

c
c                  1              b1
c                  2              b2    1              a1
c                  1              b3    2              a2    3              d1
c                  4              b4    1              a3    2              d2
c                  5              b5    4              a4    1              d3
c                  6              b6    5              a5    4              d4
c                  6              b7    5              a6    4              d5
下面坐标我省略了

pd 0
lanl2dz
****
c h o fe 0
6-31g(d,p)
****

pd 0
lanl2dz
赞一下(1人) 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wkfg
4楼2022-05-05 22:23:54
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wkfg

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
引用回帖:
4楼: Originally posted by paramecium86 at 2022-05-05 22:23:54
混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分 一个是基组部分 一个赝势部分都要书写

3. 基组部分 写在前面  每 ...

懂了，谢谢版主，刚刚查了一下才知道gen是混合基组 genecp和gen pseudo=read才是混合+赝势
赞一下 回复此楼
6楼2022-05-06 09:49:46
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
简单回复
tzynew2楼
2022-05-05 21:57   回复  
wkfg(金币+2): 谢谢参与
xiaoqiuqiu203楼
2022-05-05 22:12   回复  
wkfg(金币+2): 谢谢参与
假大空5楼
2022-05-06 07:06   回复  
wkfg(金币+2): 谢谢参与
nono20097楼
2022-05-07 11:15   回复  
wkfg(金币+2): 谢谢参与
相关版块跳转 我要订阅楼主 wkfg 的主题更新
71/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) SCI英文润色翻译-EnPapers美团队-先修改后付款
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考博] 有机化学迷茫学生 +4 佛系摸鱼5 2024-06-18 5/250 2024-06-20 00:05 by 佛系摸鱼5
[基金申请] 2024国社科通讯评审 +21 qsd10086 2024-06-13 43/2150 2024-06-19 20:57 by 05111401022
[基金申请] 青年基金会评专家到底是怎么会评的呀？主审专家是不是一般不会改动系统按函评给的顺序 5+3 他山攻玉之石 2024-06-18 14/700 2024-06-19 19:43 by liliwang215
[考博] 34岁读博士晚吗 +39 emitdne 2024-06-13 39/1950 2024-06-19 19:03 by Dqtjs
[基金申请] 75批博后基金 +11 kyukitu 2024-06-13 14/700 2024-06-19 18:44 by Siuhong Yiu
[基金申请] 面上基金有一个（两个）C是不是就没戏了.... 5+4 zzzm116 2024-06-13 21/1050 2024-06-19 18:35 by 匿名374
[基金申请] 面上博士后 +3 jsqy 2024-06-19 3/150 2024-06-19 17:58 by bxwisdom_886
[基金申请] 我标书代码变了 +62 学员NHuqdk 2024-06-16 85/4250 2024-06-19 11:52 by zhangjxnu
[论文投稿] 审稿人含糊拒稿，还需要回复吗？如何回复？ 20+4 BruceChum 2024-06-15 22/1100 2024-06-19 08:00 by kanyechris
[基金申请] 希望今年自己国自然面上项目和老婆青年项目能中！ +8 恐龙爸爸 2024-06-14 8/400 2024-06-18 19:57 by 3115321
[高分子] 烧瓶内合成聚酯 +3 大帝国乐 2024-06-17 7/350 2024-06-18 11:10 by 大帝国乐
[有机交流] 求教最后一步问题出在哪 20+3 苏州浩恒 2024-06-15 4/200 2024-06-18 08:33 by like_2005
[催化] 镍负载氧化铝的保存问题 8+3 lwn0130 2024-06-15 4/200 2024-06-17 10:48 by adaihao
[基金申请] 博后基金，博管会会提前知道消息吗？ +4 yuyiang 2024-06-13 4/200 2024-06-16 11:40 by yangyuzhong4
[论文投稿] 投稿被一个审稿人恶意评审了怎么样？ +5 1chen 2024-06-14 7/350 2024-06-15 23:15 by xy66xy
[论文投稿] 投稿时忘记修改一作 +7 gll123456 2024-06-13 11/550 2024-06-15 11:49 by gll123456
[论文投稿] 投了一篇4区的SCI，审稿人一个拒稿，一个小修，编辑给了大修。 +9 安稳22123 2024-06-13 10/500 2024-06-14 23:45 by jurkat.1640
[基金申请] E12面上申请 +4 汉风之遗 2024-06-13 4/200 2024-06-14 15:28 by 天外飞去来
[基金申请] 工材E10口函评结束了吗 10+3 我1的飞翔 2024-06-13 5/250 2024-06-14 06:35 by nono2009
[论文投稿] 投稿后发现其他作者的邮箱填错了该怎么办呀 10+4 在飞的猪 2024-06-13 6/300 2024-06-14 04:45 by 小虫子咔咔
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭