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[交流]
Pd-DPPF螯合物Gaussian结构优化
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Gaussian小白求助 最近想优化DPPF和Pd(OAc)2的螯合物，查了文献发现要用混合基组，但是这一部分没有接触过。查了一下小木虫其他人做的写出了以下输入文件，不知道对不对。 因为混合机组有人写的是b3lyp/gen，还有人写b3lyp/genecp或者b3lyp/gen pseudo=read，目前写成第一种可以计算下去，但是还没有算完。希望大神指点一下这些写法有什么区别，同时看一下我这么写输入文件对不对。本来想放一下gauss view 画的结构，但是点击上传图片没有反应，实在是对不住了。 %chk=D:/Cai/gaussian/Furan Artical/Pd-DPPF.chk %mem=1GB %nproc=1 # opt freq b3lyp/gen title 0 1 C C 1 B1 C 2 B2 1 A1 C 1 B3 2 A2 3 D1 C 4 B4 1 A3 2 D2 C 5 B5 4 A4 1 D3 C 6 B6 5 A5 4 D4 C 6 B7 5 A6 4 D5 C 7 B8 6 A7 5 D6 C 8 B9 6 A8 5 D7 Fe 9 B10 7 A9 6 D8 Pd 1 B11 2 A10 3 D9 O 12 B12 1 A11 2 D10 O 12 B13 1 A12 2 D11 C 13 B14 12 A13 1 D12 O 15 B15 13 A14 12 D13 C 14 B16 12 A15 1 D14 O 17 B17 14 A16 12 D15 C 15 B18 13 A17 12 D16 H 19 B19 15 A18 13 D17 H 19 B20 15 A19 13 D18 H 19 B21 15 A20 13 D19 C 19 B22 15 A21 13 D20 H 23 B23 19 A22 15 D21 H 19 B24 15 A23 13 D22 H 19 B25 15 A24 13 D23 B1 1.48193120 B2 1.38379624 B3 1.48146474 B4 1.38372071 B5 3.43192569 B6 1.38224965 B7 1.48650858 B8 1.47915197 B9 1.38292968 B10 2.15774562 B11 2.17519582 B12 1.94000000 B13 1.94000000 B14 1.43000000 B15 1.25840000 B16 1.43000000 B17 1.25840000 B18 1.54000000 B19 1.07000000 B20 1.07000000 B21 1.07000000 B22 3.33290692 B23 1.07000000 B24 2.60277666 B25 3.95106972 A1 117.95612818 A2 93.09498549 A3 118.27987077 A4 80.51882551 A5 80.22491113 A6 90.19610491 A7 117.99822155 A8 103.93841516 A9 59.23246337 A10 115.47097779 A11 113.87300177 A12 116.48312337 A13 109.47122063 A14 120.00000000 A15 109.47122063 A16 120.00000000 A17 120.00000000 A18 109.47122063 A19 109.47122063 A20 109.47122063 A21 70.52936823 A22 129.58891871 A23 82.21695687 A24 80.42015143 D1 16.44059389 D2 -16.50729926 D3 99.12701850 D4 0.70075937 D5 -103.45690189 D6 -99.49752318 D7 80.04534697 D8 67.52764485 D9 136.28990203 D10 -174.74631147 D11 65.49379626 D12 -130.18186358 D13 90.00000000 D14 89.56736649 D15 -30.00000000 D16 -90.00000000 D17 90.00000000 D18 -150.00000000 D19 -30.00000000 D20 131.37680951 D21 67.05203180 D22 141.49577983 D23 121.38559077 C 0 6-31g(d,p) **** H 0 6-31g(d,p) **** O 0 6-31g(d,p) **** Fe 0 6-31g(d,p) **** Pd 0 lanl2dz **** |
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wkfg(金币+2): 谢谢参与
wkfg: 金币+10 2022-05-06 09:50:41
wkfg(金币+2): 谢谢参与
wkfg: 金币+10 2022-05-06 09:50:41
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混合基组写法有误。 1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read 2. 赝势基组包括两部分 一个是基组部分 一个赝势部分都要书写 3. 基组部分 写在前面 每一个基组后要用**** 即使是最后一个基组也要写****, 不同基组之间不要空行。且使用相同基组的原子可以写在一起。 4. 赝势和基组部分之间要有空行 5. 赝势部分不要写**** 所以综上所述你的输入文件应该写成 %chk=d:/cai/gaussian/furan artical/pd-dppf.chk %mem=1gb %nproc=1 # opt freq b3lyp/genecp title 0 1 c c 1 b1 c 2 b2 1 a1 c 1 b3 2 a2 3 d1 c 4 b4 1 a3 2 d2 c 5 b5 4 a4 1 d3 c 6 b6 5 a5 4 d4 c 6 b7 5 a6 4 d5 下面坐标我省略了 pd 0 lanl2dz **** c h o fe 0 6-31g(d,p) **** pd 0 lanl2dz |
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wkfg4楼2022-05-05 22:23:54
6楼2022-05-06 09:49:46
简单回复
tzynew2楼
2022-05-05 21:57
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wkfg(金币+2): 谢谢参与
2022-05-05 22:12
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wkfg(金币+2): 谢谢参与
假大空5楼
2022-05-06 07:06
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nono20097楼
2022-05-07 11:15
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wkfg(金币+2): 谢谢参与
