24小时热门版块排行榜

>论坛更新日志 (1548)
>论文道贺祈福 (23)
>硕博家园 (18)
>休闲灌水 (16)
>考研 (15)
>导师招生 (14)
>考博 (12)
>虫友互识 (12)
>论文投稿 (12)
>博后之家 (11)
>基金申请 (10)
>找工作 (10)
>教师之家 (9)
>公派出国 (9)
>文献求助 (4)
>物理 (3)

返回列表

wkfg

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 30.3
帖子: 36
在线: 9.5小时
虫号: 8010860

[交流] Pd-DPPF螯合物Gaussian结构优化

Gaussian小白求助
最近想优化DPPF和Pd(OAc)2的螯合物，查了文献发现要用混合基组，但是这一部分没有接触过。查了一下小木虫其他人做的写出了以下输入文件，不知道对不对。
因为混合机组有人写的是b3lyp/gen，还有人写b3lyp/genecp或者b3lyp/gen pseudo=read，目前写成第一种可以计算下去，但是还没有算完。希望大神指点一下这些写法有什么区别，同时看一下我这么写输入文件对不对。本来想放一下gauss view 画的结构，但是点击上传图片没有反应，实在是对不住了。

%chk=D:/Cai/gaussian/Furan Artical/Pd-DPPF.chk
%mem=1GB
%nproc=1

# opt freq b3lyp/gen

title

0 1

C
C                1             B1
C                2             B2 1             A1
C                1             B3 2             A2 3             D1
C                4             B4 1             A3 2             D2
C                5             B5 4             A4 1             D3
C                6             B6 5             A5 4             D4
C                6             B7 5             A6 4             D5
C                7             B8 6             A7 5             D6
C                8             B9 6             A8 5             D7
Fe                9          B10 7             A9 6             D8
Pd                1          B11 2          A10 3             D9
O                12          B12 1          A11 2          D10
O                12          B13 1          A12 2          D11
C                13          B14 12          A13 1          D12
O                15          B15 13          A14 12          D13
C                14          B16 12          A15 1          D14
O                17          B17 14          A16 12          D15
C                15          B18 13          A17 12          D16
H                19          B19 15          A18 13          D17
H                19          B20 15          A19 13          D18
H                19          B21 15          A20 13          D19
C                19          B22 15          A21 13          D20
H                23          B23 19          A22 15          D21
H                19          B24 15          A23 13          D22
H                19          B25 15          A24 13          D23

B1          1.48193120
B2          1.38379624
B3          1.48146474
B4          1.38372071
B5          3.43192569
B6          1.38224965
B7          1.48650858
B8          1.47915197
B9          1.38292968
B10          2.15774562
B11          2.17519582
B12          1.94000000
B13          1.94000000
B14          1.43000000
B15          1.25840000
B16          1.43000000
B17          1.25840000
B18          1.54000000
B19          1.07000000
B20          1.07000000
B21          1.07000000
B22          3.33290692
B23          1.07000000
B24          2.60277666
B25          3.95106972
A1          117.95612818
A2          93.09498549
A3          118.27987077
A4          80.51882551
A5          80.22491113
A6          90.19610491
A7          117.99822155
A8          103.93841516
A9          59.23246337
A10       115.47097779
A11       113.87300177
A12       116.48312337
A13       109.47122063
A14       120.00000000
A15       109.47122063
A16       120.00000000
A17       120.00000000
A18       109.47122063
A19       109.47122063
A20       109.47122063
A21          70.52936823
A22       129.58891871
A23          82.21695687
A24          80.42015143
D1          16.44059389
D2          -16.50729926
D3          99.12701850
D4          0.70075937
D5       -103.45690189
D6          -99.49752318
D7          80.04534697
D8          67.52764485
D9          136.28990203
D10       -174.74631147
D11          65.49379626
D12       -130.18186358
D13          90.00000000
D14          89.56736649
D15       -30.00000000
D16       -90.00000000
D17          90.00000000
D18       -150.00000000
D19       -30.00000000
D20       131.37680951
D21          67.05203180
D22       141.49577983
D23       121.38559077

C 0
6-31g(d,p)
****
H 0
6-31g(d,p)
****
O 0
6-31g(d,p)
****
Fe 0
6-31g(d,p)
****

Pd 0
lanl2dz
****

回复此楼

» 猜你喜欢

七嗪类物质合成求助已经有0人回复
半透性容器进行高湿或者低湿研究已经有0人回复
物理化学论文润色/翻译怎么收费? 已经有102人回复
Chemical Bonding at Surfaces and Interfaces,最经典的一本表面上化学相互作用教材已经有1人回复
诚邀有志之士加入江苏大学环境学院合成生物学课题组！(长期接收学硕专硕、硕博连读) 已经有16人回复
一志愿南大理论与计算化学方向（070300）342分，求调剂已经有1人回复
欢迎化学、化工、物理、材料、或计算机背景的考研咨询已经有0人回复
河南理工大学化工学院招收调剂生啦！已经有1人回复
招收博士一名-宁波大学已经有0人回复
求助：三乙酰丙酮铁（Fe(acac)₃）标准红外(IR)与XRD谱图/数据已经有1人回复

» 抢金币啦！回帖就可以得到:

查看全部散金贴

1楼 2022-05-05 21:17:57

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wkfg(金币+2): 谢谢参与
wkfg: 金币+10 2022-05-06 09:50:41

混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分一个是基组部分一个赝势部分都要书写

3. 基组部分写在前面  每一个基组后要用**** 即使是最后一个基组也要写****, 不同基组之间不要空行。且使用相同基组的原子可以写在一起。

4. 赝势和基组部分之间要有空行

5. 赝势部分不要写****

所以综上所述你的输入文件应该写成
%chk=d:/cai/gaussian/furan artical/pd-dppf.chk
%mem=1gb
%nproc=1

# opt freq b3lyp/genecp

title

0 1

c
c                1             b1
c                2             b2 1             a1
c                1             b3 2             a2 3             d1
c                4             b4 1             a3 2             d2
c                5             b5 4             a4 1             d3
c                6             b6 5             a5 4             d4
c                6             b7 5             a6 4             d5
下面坐标我省略了

pd 0
lanl2dz
****
c h o fe 0
6-31g(d,p)
****

pd 0
lanl2dz

赞一下(1人)

回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

wkfg

4楼2022-05-05 22:23:54

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

wkfg

新虫 (初入文坛)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 30.3
帖子: 36
在线: 9.5小时
虫号: 8010860

送红花一朵

引用回帖:

4楼: Originally posted by paramecium86 at 2022-05-05 22:23:54
混合基组写法有误。
1. 首先你的体系中含有重金属。那么一定要带有赝势的，所以要么是genecp 要么是 gen pseudo=read

2. 赝势基组包括两部分一个是基组部分一个赝势部分都要书写

3. 基组部分写在前面每 ...

懂了，谢谢版主，刚刚查了一下才知道gen是混合基组 genecp和gen pseudo=read才是混合+赝势

赞一下

回复此楼

6楼2022-05-06 09:49:46

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

简单回复

tzynew2楼

2022-05-05 21:57 回复

wkfg(金币+2): 谢谢参与