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mishkar

新虫 (小有名气)

[求助] 求助,为什么转录组数据显示log2fc<1,而qrtpcr的结果显示相差很大

楼主之前做了转录组测序,以log2fc>1为限制条件筛选差异基因,结果显示有70多个基因下调,100多个基因上调。其中有几个基因的log2fc值大概为0.3-0.6之间,但是我用qrtpcr检测的结果显示基因的表达相差2-5倍,2∧(-ΔΔct)=0.2~0.5左右,虽然这几个基因在转录组测序和qrtpcr中的趋势一样,但差异倍数相差得有点大。我重复做qrtpcr的结果也是一样。

请问各位大神,我这种情况应该怎么办?是哪里出了问题了?数据可以用吗?

@wizardfan @youlinglyw @biostar2009 发自小木虫Android客户端
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mishkar

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by yandz680717 at 2022-05-01 09:10:34
转录组数据一般还要用qPCR验证,数据不吻合很正常

那请问我这种情况应该信哪种结果?转录组测序告诉我这个基因表达上调但是差异倍数不大,但是qrtpcr告诉我差异显著

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3楼2022-05-01 12:01:17
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yandz680717

木虫 (正式写手)

转录组数据一般还要用qPCR验证,数据不吻合很正常

发自小木虫Android客户端
2楼2022-05-01 09:10:34
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