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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 求助，为什么转录组数据显示log2fc＜1，而qrtpcr的结果显示相差很大
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mishkar

新虫 (小有名气)

[求助] 求助，为什么转录组数据显示log2fc＜1，而qrtpcr的结果显示相差很大

楼主之前做了转录组测序，以log2fc＞1为限制条件筛选差异基因，结果显示有70多个基因下调，100多个基因上调。其中有几个基因的log2fc值大概为0.3-0.6之间，但是我用qrtpcr检测的结果显示基因的表达相差2-5倍，2∧（-ΔΔct）=0.2~0.5左右，虽然这几个基因在转录组测序和qrtpcr中的趋势一样，但差异倍数相差得有点大。我重复做qrtpcr的结果也是一样。

请问各位大神，我这种情况应该怎么办？是哪里出了问题了？数据可以用吗？

@wizardfan @youlinglyw @biostar2009 发自小木虫Android客户端
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1楼 2022-05-01 06:19:11
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yandz680717

木虫 (正式写手)
转录组数据一般还要用qPCR验证，数据不吻合很正常

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2楼2022-05-01 09:10:34
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mishkar

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by yandz680717 at 2022-05-01 09:10:34
转录组数据一般还要用qPCR验证，数据不吻合很正常

那请问我这种情况应该信哪种结果？转录组测序告诉我这个基因表达上调但是差异倍数不大，但是qrtpcr告诉我差异显著

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3楼2022-05-01 12:01:17
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