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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】用MS软件计算高聚物的界面相互作用
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majing0027

新虫 (小有名气)

[交流] 【求助】用MS软件计算高聚物的界面相互作用

发的文章修改意见审稿人质疑我的模拟方法，请大家帮忙看一下我的方法对不？

先用layer搭建模型，上层壳聚糖下层是聚丙烯腈
用discover模块，参数：COMPAS力场, Group base计算方法, 9.5Å截断半径。 步骤如下：
1.minimizer到收敛
2.跑NVT, 控温nose方法，步长0.5fs, 模拟时间50PS，保存最后一帧（final structure）
3.跑NPT, 控温Berendsen, 控压Berendsen，步长0.5fs, 模拟时间200PS，保存最后一帧。
4.跑NVT, 控温nose方法，步长0.5fs, 模拟时间500PS，保存Full structure
5.分别计算总的能量，把CS或PAN删掉后计算能量，然后做差得界面作用，如下。
E=ECS/PAN – ECS-EPAN


请高手指点那一步不合适，多谢啦。

[ Last edited by zeoliters on 2009-11-13 at 18:19 ]
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trust your feels
1楼 2009-09-05 16:25:22
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cassie0795

金虫 (小有名气)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
你搭建layer的时候是晶体对接还是表面对接呢？
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3楼2009-10-13 21:24:29
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主
小木虫MS版的地址是：
http://muchong.com/bbs/forumdisplay.php?fid=291&page=1&type=633
赞一下 回复此楼
2楼2009-09-05 16:32:25
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guosy1999

木虫 (正式写手)

中纪委反2协会督导员
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:06
第2步和第3步的NVT,NPT系综动力学计算都是为了平衡体系吗？

为什么要两次平衡体系？平衡温度和最后的动力学计算温度都是相同的吗？
赞一下(11人) 回复此楼
少年不识愁滋味，为赋新词强说愁。
4楼2009-10-14 10:08:05
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
★
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 12-16 14:05
不明白你的模拟步骤，你确定最后要再来个NVT的模拟？还有，你那个计算界面能的公式是你自己想出来的，还是大家公认的？看着好像有点问题呢。。。
赞一下(10人) 回复此楼
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
5楼2009-12-14 22:46:08
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