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majing0027新虫 (小有名气)
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【求助】用MS软件计算高聚物的界面相互作用
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发的文章修改意见审稿人质疑我的模拟方法，请大家帮忙看一下我的方法对不？ 先用layer搭建模型，上层壳聚糖下层是聚丙烯腈 用discover模块，参数：COMPAS力场, Group base计算方法, 9.5Å截断半径。 步骤如下： 1.minimizer到收敛 2.跑NVT, 控温nose方法，步长0.5fs, 模拟时间50PS，保存最后一帧（final structure） 3.跑NPT, 控温Berendsen, 控压Berendsen，步长0.5fs, 模拟时间200PS，保存最后一帧。 4.跑NVT, 控温nose方法，步长0.5fs, 模拟时间500PS，保存Full structure 5.分别计算总的能量，把CS或PAN删掉后计算能量，然后做差得界面作用，如下。 E=ECS/PAN – ECS-EPAN 请高手指点那一步不合适，多谢啦。 [ Last edited by zeoliters on 2009-11-13 at 18:19 ] |
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