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名字太长了

新虫 (小有名气)

[求助] 力场文件修改已有3人参与

sorption中文献让金属用dreiding,其他uff,
是在uff基础上,修改金属原子力场嘛
还有的金属用的uff其他dreiding这样子的要看哪一个,金属到底用的uff还是dreiding
力场文件修改有修改步骤嘛或者一些案例教学之类的

力场文件修改


@smutao 发自小木虫Android客户端
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AmosZhou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

目前这样的力场修改绝大多数都是这么做的,但是好像不是很准吧
2楼2022-03-13 13:36:37
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zyyttty

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.car文件中将倒数第三列改为自己想要的符号,如C_R。注意字符不能太多(<4个),否则力场文件中将无法识别,同时设置MOF.mdf文件。保存后重新导入MS,通过右键/Label/Forcefield Type查看设置的力场类型是否正确;然后,用写字板打开一个力场文件,将上述设置的力场类型写入到ATOMTYPES中,最后,在DIAGONAL_VDW部分按照已有参数的格式加入新力场类型的两种力场参数σ和ε,单位分别为Å和kcal/mol,力场文件编辑完毕
3楼2022-11-08 20:24:10
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名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-08 20:24:10
mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.c ...

如果没有设置力场,直接在sorption中选了通用力场影响会很大吗

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4楼2022-11-09 12:14:47
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zyyttty

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 名字太长了 at 2022-11-09 12:14:47
如果没有设置力场,直接在sorption中选了通用力场影响会很大吗
...

力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发

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» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2022-11-09 14:30:17
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名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-09 14:30:17
力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发
...

好的谢谢指导

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6楼2022-11-10 12:41:10
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名字太长了

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-09 14:30:17
力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发
...

您好,希望您看到可以解答
ms可以做流动状态的吸附嘛,就是给气体加一个流速这种的

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7楼2022-11-13 20:13:35
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zyyttty

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 名字太长了 at 2022-11-13 20:13:35
您好,希望您看到可以解答
ms可以做流动状态的吸附嘛,就是给气体加一个流速这种的
...

我没见过这种,不敢下定义

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8楼2022-11-14 09:30:50
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名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-14 09:30:50
我没见过这种,不敢下定义
...

好的,谢谢

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9楼2022-11-14 12:43:11
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pmwx

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-08 20:24:10
mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.c ...

老师,您好!我有个问题想请教一下大神,MS sorption模块中UFF力场中没有三配位的铜的参数,我通过添加了Cu2+1的参数,Forcite模块可以认出力场了,但是Sorption还是不行,是我参数哪里还有问题吗?我添加了原子类型那块儿,还有_VDW,还有GENERATOR这儿。其他地方没有本身没有Cu3+1的地方没有添加。非常感谢[爱心]

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10楼2022-11-20 11:37:48
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