24小时热门版块排行榜    

查看: 1403  |  回复: 9
【悬赏金币】回答本帖问题,作者名字太长了将赠送您 5 个金币

名字太长了

新虫 (小有名气)

[求助] 力场文件修改已有3人参与

sorption中文献让金属用dreiding,其他uff,
是在uff基础上,修改金属原子力场嘛
还有的金属用的uff其他dreiding这样子的要看哪一个,金属到底用的uff还是dreiding
力场文件修改有修改步骤嘛或者一些案例教学之类的

力场文件修改


@smutao 发自小木虫Android客户端
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

AmosZhou

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

目前这样的力场修改绝大多数都是这么做的,但是好像不是很准吧
2楼2022-03-13 13:36:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyyttty

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.car文件中将倒数第三列改为自己想要的符号,如C_R。注意字符不能太多(<4个),否则力场文件中将无法识别,同时设置MOF.mdf文件。保存后重新导入MS,通过右键/Label/Forcefield Type查看设置的力场类型是否正确;然后,用写字板打开一个力场文件,将上述设置的力场类型写入到ATOMTYPES中,最后,在DIAGONAL_VDW部分按照已有参数的格式加入新力场类型的两种力场参数σ和ε,单位分别为Å和kcal/mol,力场文件编辑完毕
3楼2022-11-08 20:24:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-08 20:24:10
mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.c ...

如果没有设置力场,直接在sorption中选了通用力场影响会很大吗

发自小木虫Android客户端
4楼2022-11-09 12:14:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyyttty

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 名字太长了 at 2022-11-09 12:14:47
如果没有设置力场,直接在sorption中选了通用力场影响会很大吗
...

力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发

发自小木虫Android客户端

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

5楼2022-11-09 14:30:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-09 14:30:17
力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发
...

好的谢谢指导

发自小木虫Android客户端
6楼2022-11-10 12:41:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

名字太长了

新虫 (小有名气)

送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-09 14:30:17
力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发
...

您好,希望您看到可以解答
ms可以做流动状态的吸附嘛,就是给气体加一个流速这种的

发自小木虫Android客户端
7楼2022-11-13 20:13:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyyttty

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 名字太长了 at 2022-11-13 20:13:35
您好,希望您看到可以解答
ms可以做流动状态的吸附嘛,就是给气体加一个流速这种的
...

我没见过这种,不敢下定义

发自小木虫Android客户端
8楼2022-11-14 09:30:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

名字太长了

新虫 (小有名气)

引用回帖:
8楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-14 09:30:50
我没见过这种,不敢下定义
...

好的,谢谢

发自小木虫Android客户端
9楼2022-11-14 12:43:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pmwx

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by zyyttty at 2022-11-08 20:24:10
mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.c ...

老师,您好!我有个问题想请教一下大神,MS sorption模块中UFF力场中没有三配位的铜的参数,我通过添加了Cu2+1的参数,Forcite模块可以认出力场了,但是Sorption还是不行,是我参数哪里还有问题吗?我添加了原子类型那块儿,还有_VDW,还有GENERATOR这儿。其他地方没有本身没有Cu3+1的地方没有添加。非常感谢[爱心]

发自小木虫Android客户端
10楼2022-11-20 11:37:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 名字太长了 的主题更新
不应助 确定回帖应助 (注意:应助才可能被奖励,但不允许灌水,必须填写15个字符以上)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 硕博巨婴,也许才刚刚开始 +30 SNaiL1995 2024-06-12 74/3700 2024-06-16 17:08 by SNaiL1995
[找工作] 初始合伙人来啦!(生物试剂耗材标准品) +8 欢快的小科研人 2024-06-15 14/700 2024-06-16 16:00 by 欢快的小科研人
[基金申请] 面青地会评时间 +6 tanjydd 2024-06-15 6/300 2024-06-16 15:42 by 我是王小帅
[找工作] 杭电、天津科技、青农和宁波工程学院如何选? +11 味道很好啊 2024-06-13 21/1050 2024-06-16 13:57 by wanglongzh
[找工作] 成都产品质量检测研究院 200+3 鲸鱼663 2024-06-11 9/450 2024-06-16 10:08 by SNaiL1995
[基金申请] 博士后创新人才支持计划公示 +9 aishida144 2024-06-14 15/750 2024-06-16 09:52 by msjy
[考博] 34岁读博士晚吗 +26 emitdne 2024-06-13 26/1300 2024-06-16 07:16 by liyeqik
[基金申请] 博后面上今天有bug可以看到是否资助? +20 lyfbangong 2024-06-12 31/1550 2024-06-15 21:18 by since—2010
[基金申请] 关于博后基金的bug问题 +6 lxr1991 2024-06-14 9/450 2024-06-15 21:17 by since—2010
[基金申请] 为什么我的博后基金还在流动站审核中?不会是学院给我卡了吧? +14 王凯12 2024-06-13 26/1300 2024-06-15 15:22 by 好人与坏人
[论文投稿] 求机械类四区sci推荐 5+3 迷茫小旷 2024-06-14 4/200 2024-06-15 11:25 by bobvan
[基金申请] 工材E口JQ有消息了吗 +4 babyduck 2024-06-11 4/200 2024-06-14 17:23 by firepick
[论文投稿] 最近写了一篇控制优化领域的文章,可以投哪里啊?有没有水一些的期刊推荐 +7 香瓜木香 2024-06-12 13/650 2024-06-14 07:05 by 香瓜木香
[论文投稿] 文章proof要求使用机构的邮箱 5+3 不可不信缘 2024-06-11 11/550 2024-06-14 07:00 by 3001160025
[基金申请] 连续两年医学口青年项目初审体会 +11 进击的荣耀 2024-06-09 18/900 2024-06-13 17:27 by 进击的荣耀
[有机交流] 原料反应完了,怎么知道是产物还是中间体 +6 小胡在努力 2024-06-11 8/400 2024-06-13 13:33 by 091602
[论文投稿] 摩擦磨损论文投稿 +3 jmysan 2024-06-12 3/150 2024-06-13 08:36 by 莱茵润色
[硕博家园] 申博 +3 悦悦小小鱼 2024-06-12 3/150 2024-06-12 15:11 by chen5805
[论文投稿] water research状态咨询 5+3 Flyyawa 2024-06-10 6/300 2024-06-11 09:45 by bobvan
[教师之家] 公办双非,学生论文升学就业都不行。一本大学的论文升学就业没问题吧? +5 河西夜郎 2024-06-09 5/250 2024-06-10 17:59 by yyallen2003
信息提示
请填处理意见