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力场文件修改已有3人参与
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sorption中文献让金属用dreiding,其他uff, 是在uff基础上,修改金属原子力场嘛 还有的金属用的uff其他dreiding这样子的要看哪一个,金属到底用的uff还是dreiding 力场文件修改有修改步骤嘛或者一些案例教学之类的 @smutao 发自小木虫Android客户端 |
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2楼2022-03-13 13:36:37
【答案】应助回帖
| mof-74中的金属原子用uff力场,而配体骨架结构用dreding力场,而吸附的气体分子通常用trappe力场,sorption做混合力场需要编辑一下。首先需要将MOF.xsd以car结构导出,得到MOF.car和MOF.mdf均用写字板打开,在MOF.car文件中将倒数第三列改为自己想要的符号,如C_R。注意字符不能太多(<4个),否则力场文件中将无法识别,同时设置MOF.mdf文件。保存后重新导入MS,通过右键/Label/Forcefield Type查看设置的力场类型是否正确;然后,用写字板打开一个力场文件,将上述设置的力场类型写入到ATOMTYPES中,最后,在DIAGONAL_VDW部分按照已有参数的格式加入新力场类型的两种力场参数σ和ε,单位分别为Å和kcal/mol,力场文件编辑完毕 |
3楼2022-11-08 20:24:10
4楼2022-11-09 12:14:47
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力场决定了所有原子间的作用力,如果使用通用力场比如compass,可以得到一个粗糙的结果,但发文章不好发 发自小木虫Android客户端 |
» 本帖已获得的红花(最新10朵)
5楼2022-11-09 14:30:17
6楼2022-11-10 12:41:10
7楼2022-11-13 20:13:35
8楼2022-11-14 09:30:50
9楼2022-11-14 12:43:11
【答案】应助回帖
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老师,您好!我有个问题想请教一下大神,MS sorption模块中UFF力场中没有三配位的铜的参数,我通过添加了Cu2+1的参数,Forcite模块可以认出力场了,但是Sorption还是不行,是我参数哪里还有问题吗?我添加了原子类型那块儿,还有_VDW,还有GENERATOR这儿。其他地方没有本身没有Cu3+1的地方没有添加。非常感谢[爱心] 发自小木虫Android客户端 |
10楼2022-11-20 11:37:48













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名字太长了