| 查看: 1237 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
Movchan金虫 (正式写手)
|
[交流]
【求助】请教DS里蛋白与小分子对接？谢谢
|
||
|
我是新手，在学习DS，于是下载了创腾公司胡远东的“分子对接技术简介.PDF”，里面共分为四个部分：1、用LibDock对接一组小分子到一蛋白；2、和1差不多，主要是多了个一致性打分，而且对接程序是LigandFit；3、基于CHARMm分子立场的CDOCKER对接；4、是蛋白和蛋白的柔性对接。现有几个问题想请教： A、教程里前三个对接都是不考虑蛋白受体的柔性，和四当然有所不同，但是它们仨之间有何区别和联系呢？实际工作中，该如何选择？ B、蛋白受体可以从PDBsum下载，为pdb文件，一般在对接前要做一些预处理，如删除结晶水和配体分子，还有加氢等。请问这些预处理该如何进行呢？呵呵 C、对接教程里，几乎都是定义完受体蛋白之后，就使用空心发现（cavity detection）识别结合部位空穴，但是此空穴一般可以识别出几个，甚至数十个，尽管此空穴（位点）按照大小排序，但是对接只能1个位点1个位点的对接。请问如果考察1组配体分子和1个蛋白的结合情况，是否只考虑该蛋白识别出的第1个位点和配体的对接打分即可？还是要综合其它位点的对接结果？如果要，又该如何综合呢？教程里似乎只对位点1进行了对接。 一下子问了那么多，请高手不吝指点，万分感谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 22:06 ] |
回复此楼» 猜你喜欢
求计算机方向调剂
已经有6人回复
-
湖南大学刘巧玲课题组2026年第二批次博士研究生招生信息
已经有3人回复
-
通信工程求调剂！！！
已经有7人回复
-
26药学专硕105500求调剂
已经有8人回复
-
297，工科调剂?
已经有11人回复
-
申博自荐
已经有4人回复
-
294求调剂
已经有9人回复
-
291求调剂
已经有11人回复
-
304求调剂
已经有8人回复
-
求调剂推荐
已经有9人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
tjegg
铁杆木虫 (著名写手)
- 应助: 26 (小学生)
- 金币: 6869.3
- 红花: 16
- 帖子: 2615
- 在线: 448小时
- 虫号: 338983
- 注册: 2007-04-05
- 性别: GG
- 专业: 抗肿瘤药物药理
3楼2009-08-27 22:51:54
2楼2009-08-27 17:20:24
youngseason
铁虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 84
- 帖子: 20
- 在线: 4.8小时
- 虫号: 541080
- 注册: 2008-04-07
- 性别: MM
- 专业: 药物设计与药物信息
5楼2009-08-28 12:23:09
arthurii
木虫 (正式写手)
- 应助: 14 (小学生)
- 金币: 3025.8
- 红花: 2
- 帖子: 902
- 在线: 207.3小时
- 虫号: 816600
- 注册: 2009-07-27
- 性别: GG
- 专业: 药物设计与药物信息
6楼2009-09-08 21:28:55
50