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Movchan金虫 (正式写手)
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【求助】请教DS里蛋白与小分子对接？谢谢
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我是新手，在学习DS，于是下载了创腾公司胡远东的“分子对接技术简介.PDF”，里面共分为四个部分：1、用LibDock对接一组小分子到一蛋白；2、和1差不多，主要是多了个一致性打分，而且对接程序是LigandFit；3、基于CHARMm分子立场的CDOCKER对接；4、是蛋白和蛋白的柔性对接。现有几个问题想请教： A、教程里前三个对接都是不考虑蛋白受体的柔性，和四当然有所不同，但是它们仨之间有何区别和联系呢？实际工作中，该如何选择？ B、蛋白受体可以从PDBsum下载，为pdb文件，一般在对接前要做一些预处理，如删除结晶水和配体分子，还有加氢等。请问这些预处理该如何进行呢？呵呵 C、对接教程里，几乎都是定义完受体蛋白之后，就使用空心发现（cavity detection）识别结合部位空穴，但是此空穴一般可以识别出几个，甚至数十个，尽管此空穴（位点）按照大小排序，但是对接只能1个位点1个位点的对接。请问如果考察1组配体分子和1个蛋白的结合情况，是否只考虑该蛋白识别出的第1个位点和配体的对接打分即可？还是要综合其它位点的对接结果？如果要，又该如何综合呢？教程里似乎只对位点1进行了对接。 一下子问了那么多，请高手不吝指点，万分感谢！ [ Last edited by lei0736 on 2009-11-13 at 22:06 ] |
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