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longhaijun

新虫 (初入文坛)

[求助] 提取原子坐标 已有1人参与

请问大家，怎么从已经得到的log文件里提取原子坐标并用VMD做图啊

@jiewei 发自小木虫IOS客户端
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少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
1楼 2021-11-21 16:09:32
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longhaijun

新虫 (初入文坛)
谢谢啦

发自小木虫IOS客户端
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少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
3楼2021-11-23 12:03:02
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paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2021-11-22 13:54:39
VMD可以读取的一般是xyz格式的文件。

提取坐标本身很容易。比如用GaussView打开输出文件 然后直接保存成一个gjf或者 mol文件 就可以了。 之后你可以用记事本之类的文本编辑软件打开gjf文件 把xyz坐标直接复制出来。然后自己弄个xyz文件，VMD就可以读取了。

如果想更省事儿一些可以用Multiwfn， 用Multiwfn载入输出文件，在100 功能中有一个可以转化成xyz格式的文件的选项。之后VMD就可以打开了。
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2楼2021-11-21 19:02:37
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