应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 提取原子坐标
31/1返回列表
查看: 1294  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者longhaijun将赠送您 200 个金币

longhaijun

新虫 (初入文坛)

[求助] 提取原子坐标 已有1人参与

请问大家，怎么从已经得到的log文件里提取原子坐标并用VMD做图啊

@jiewei 发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
1楼 2021-11-21 16:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2021-11-22 13:54:39
VMD可以读取的一般是xyz格式的文件。

提取坐标本身很容易。比如用GaussView打开输出文件 然后直接保存成一个gjf或者 mol文件 就可以了。 之后你可以用记事本之类的文本编辑软件打开gjf文件 把xyz坐标直接复制出来。然后自己弄个xyz文件，VMD就可以读取了。

如果想更省事儿一些可以用Multiwfn， 用Multiwfn载入输出文件，在100 功能中有一个可以转化成xyz格式的文件的选项。之后VMD就可以打开了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2021-11-21 19:02:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longhaijun

新虫 (初入文坛)
谢谢啦

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
3楼2021-11-23 12:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 longhaijun 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +16 基诺咪客 2026-08-17 20/1000 2026-08-20 12:44 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +11 yuleib84 2026-08-18 12/600 2026-08-20 11:09 by xskun
[基金申请] 言之凿凿，8月21号(明天)放榜 +12 医学老男孩 2026-08-20 14/700 2026-08-20 10:53 by ran2233
[基金申请] 只有每年这种时候来逛逛小木虫 +21 yaoyewhu2008 2026-08-20 21/1050 2026-08-20 10:37 by Vivilian
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +14 kkkl_v 2026-08-19 15/750 2026-08-20 08:21 by sunzitan
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +11 ziyangfang 2026-08-19 13/650 2026-08-19 21:28 by aasahr
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +5 瞬息宇宙 2026-08-15 5/250 2026-08-19 20:23 by super2002521
[基金申请] 今天放榜没戏了吧 +4 yuleib84 2026-08-19 5/250 2026-08-19 19:52 by hhs666
[基金申请] filecode=后面第一个是大写字母 +10 wangze12014 2026-08-14 12/600 2026-08-19 16:56 by 苦难博士
[基金申请] 2027广东省杰青 +4 奶牛小黑 2026-08-15 10/500 2026-08-19 11:02 by wanfengnew
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 8/400 2026-08-19 10:55 by Haru815
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 什么时候开奖？ +6 CrisMessi 2026-08-18 6/300 2026-08-19 08:06 by Equinoxhua
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭