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longhaijun

新虫 (初入文坛)

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[求助] 提取原子坐标已有1人参与

请问大家，怎么从已经得到的log文件里提取原子坐标并用VMD做图啊

@jiewei 发自小木虫IOS客户端

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少年易学老难成，一寸光阴不可轻。

1楼 2021-11-21 16:09:32

已阅回复此楼关注TA 给TA发消息送TA红花 TA的回帖

paramecium86

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【答案】应助回帖

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zhou2009: 金币+5 2021-11-22 13:54:39

VMD可以读取的一般是xyz格式的文件。

提取坐标本身很容易。比如用GaussView打开输出文件然后直接保存成一个gjf或者 mol文件就可以了。之后你可以用记事本之类的文本编辑软件打开gjf文件把xyz坐标直接复制出来。然后自己弄个xyz文件，VMD就可以读取了。

如果想更省事儿一些可以用Multiwfn，用Multiwfn载入输出文件，在100 功能中有一个可以转化成xyz格式的文件的选项。之后VMD就可以打开了。