应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 提取原子坐标
31/1返回列表
查看: 1091  |  回复: 2
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者longhaijun将赠送您 200 个金币

longhaijun

新虫 (初入文坛)

[求助] 提取原子坐标 已有1人参与

请问大家，怎么从已经得到的log文件里提取原子坐标并用VMD做图啊

@jiewei 发自小木虫IOS客户端
回复此楼

» 猜你喜欢
少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
1楼 2021-11-21 16:09:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

paramecium86

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2021-11-22 13:54:39
VMD可以读取的一般是xyz格式的文件。

提取坐标本身很容易。比如用GaussView打开输出文件 然后直接保存成一个gjf或者 mol文件 就可以了。 之后你可以用记事本之类的文本编辑软件打开gjf文件 把xyz坐标直接复制出来。然后自己弄个xyz文件，VMD就可以读取了。

如果想更省事儿一些可以用Multiwfn， 用Multiwfn载入输出文件，在100 功能中有一个可以转化成xyz格式的文件的选项。之后VMD就可以打开了。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2021-11-21 19:02:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

longhaijun

新虫 (初入文坛)
谢谢啦

发自小木虫IOS客户端
回复此楼
少年易学老难成，一寸光阴不可轻。
3楼2021-11-23 12:03:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 longhaijun 的主题更新
31/1返回列表
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 0701-322 求调剂 +3 jiliuxian 2026-03-06 6/300 2026-03-08 16:05 by jiliuxian
[考研] 调剂的同学，走过路过，不要错过 +10 likeihood 2026-03-06 15/750 2026-03-08 15:40 by 纠缠体
[考研] 324求调剂 +7 wxz2 2026-03-03 10/500 2026-03-08 12:42 by 蓝莓都给你
[考研] 接受26届调剂生 +18 猪猪猪毛 2026-03-06 18/900 2026-03-08 12:36 by kk扛
[考研] 中科大材料299求调剂 +10 DAIjiayo 2026-03-05 15/750 2026-03-08 09:18 by 波力海苔CUICUI
[考研] 一志愿苏大材料工程专硕293求调剂 +4 钢铁大炮 2026-03-04 4/200 2026-03-07 23:16 by ms629
[考研] 085600材料与化工，一志愿广州985，求调剂 +12 qqyyaill 2026-03-05 12/600 2026-03-07 22:41 by Leeding1356
[考研] 346分材料求调剂 +5 snow_反季节版 2026-03-07 5/250 2026-03-07 22:40 by Leeding1356
[考研] 一志愿郑大071000分数282求调剂 +3 研研颜 2026-03-05 7/350 2026-03-07 22:33 by 帆船哥
[考研] 070300化学求调剂292分 +3 打烊eee 2026-03-07 3/150 2026-03-07 20:04 by houyaoxu
[考研] 一志愿武汉理工085601，初试301分，请问能调剂到湖北吗 +3 肖yang 2026-03-06 3/150 2026-03-07 19:08 by ms629
[考研] 材料考研339求调剂 +3 Karry*^_^* 2026-03-04 3/150 2026-03-06 00:32 by wutongshun
[考研] 085602 293分求调剂 +3 SivanNano. 2026-03-05 3/150 2026-03-05 19:41 by caszguilin
[考研] 304分材料专硕求调剂 +11 qiuzhigril 2026-03-03 14/700 2026-03-05 09:30 by vfdbghn
[考研] 0856材料专硕274能调剂去哪里？ +3 22735 2026-03-04 4/200 2026-03-05 09:06 by 斩魂滴兔子！
[考研] 求调剂 +7 博斯特525 2026-03-04 7/350 2026-03-04 18:09 by houyaoxu
[考研] 085601 材料工程 320 +6 和乐瑶 2026-03-03 6/300 2026-03-04 16:01 by chixmc
[考研] 085600 英一数二272求调剂 5+6 vida_a 2026-03-01 47/2350 2026-03-04 13:35 by vida_a
[考研] 理学，工学，农学调剂，少走弯路，这里欢迎您！ +8 likeihood 2026-03-02 11/550 2026-03-03 19:39 by 一叶凡尘?
[考研] 0854复试调剂 276 +5 wmm9 2026-03-01 7/350 2026-03-03 02:49 by xiadaiyang
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭