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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】在gromacs中计算capping的序列
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payne

木虫 (小有名气)

[交流] 【求助】在gromacs中计算capping的序列

我在MOE中建立了一个N端乙酰化，C端酰胺化的蛋白质序列，可是在gromacs中pdb2gmx的时候就会出错，力场无法识别氨基。
我用的是gromos96 43a1力场。
有没有人能给一个正确的带有乙酰化和酰胺化的pdb文件，我照着改改pdb文件，估计可以解决。

[ Last edited by wuli8 on 2009-11-13 at 21:41 ]
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Lookingforthemeaningoflife.
1楼 2009-08-24 17:43:50
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payne

木虫 (小有名气)
对于任意一个分子，比如说苯分子，如何用gromacs模拟呢？
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Lookingforthemeaningoflife.
2楼2009-08-28 09:34:24
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