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hare1212

金虫 (小有名气)

[交流] 基因克隆的方法

请教各位大侠,我要从微生物发酵中提取一种分泌蛋白,然后想克隆这种蛋白的基因,GENBank还没有报道,是不是要测这种蛋白的N和C端的氨基酸序列,然后设计兼并引物,在进行PCR,然后该怎么做呢?我是个菜鸟,新生一个,现在没有实验思路,混沌中,希望大家给予指教!!!在此谢过大家了!!!
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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hare1212(金币+1,VIP+0):谢谢指教!能加你的QQ么?以便日后请教! 8-24 13:07
引用回帖:
Originally posted by hare1212 at 2009-8-23 22:40:

再请教大侠,纯化的蛋白要多纯才能用于测定N 端和 C端?如何设计简并引物呢?如果PCR出来不只有一条电泳条带该如何分析哪条是我要的产物呢?谢谢大侠的指导!!!

蛋白的纯化可以用SDS-PAGE或者2D,然后把你的目的蛋白那块胶挖下来,再洗脱

到溶液中,只要很少量就够测序用了。还有什么疑问的话先找个测序公司问问他们

的蛋白测序时这样的操作能不能用于测序。

等你做到那步你就不会问这样的问题了,因为你就一条氨基酸序列设计简并引物

那还不是简单的要命。先不要假设你的PCR有多条带,,一切等你测序完了就

知道后面是多么简单了。

[ Last edited by brightfuture01 on 2009-8-24 at 00:33 ]
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
6楼2009-08-24 00:24:41
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

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★ ★ ★ ★ ★ ★
hare1212(金币+1,VIP+0): 8-23 22:33
amisking(金币+5,VIP+0):高手啊! 8-23 22:45
嗯,是这样的思路,呵呵。首先要纯化出这种蛋白,然后送去测定蛋白的N 端和 C端

序列,少数几个即可(因为氨基酸测序很贵的)。然后提取DNA,设计引物进行扩

增。至于基因克隆就相对简单了,首先在引物两端设计好酶切位点和保护碱基,PCR

扩增进行酶切(这步要和表达载体pET系列同时进行酶切位点的选定)。然后酶切载

体,将酶切好的PCR片段和载体进行连接。转化至DH5感受太中,挑克隆摇菌提质粒

进行酶切鉴定,鉴定为阳性克隆后将质粒转化进BL21表达宿主中,这就克隆成功了。

注意CR扩增目的片段的时候要用 高保真酶或者与之相当的。

好运
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
2楼2009-08-23 22:04:53
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hare1212

金虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by brightfuture01 at 2009-8-23 22:04:
嗯,是这样的思路,呵呵。首先要纯化出这种蛋白,然后送去测定蛋白的N 端和 C端

序列,少数几个即可(因为氨基酸测序很贵的)。然后提取DNA,设计引物进行扩

增。至于基因克隆就相对简单了,首先在引物两端 ...

再请教大侠,纯化的蛋白要多纯才能用于测定N 端和 C端?如何设计简并引物呢?如果PCR出来不只有一条电泳条带该如何分析哪条是我要的产物呢?谢谢大侠的指导!!!
3楼2009-08-23 22:40:31
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anik

银虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
hare1212(金币+1,VIP+0):谢谢回答 8-23 22:55
amisking(金币+3,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-24 08:23
楼上的还不尽然。
首先是分离这个蛋白:双向电泳或者SDS-PAGE分离,然后发质谱。这个最好是全打了,贵些但不在乎花这些钱,此原因之一,之二:你当然是要知道这个蛋白的全序列了。
打完质谱也就知道了全序列,设计兼并引物,以基因组DNA为模板进行PCR,切胶回收并连接----〉转化----〉挑选单克隆培养,然后测序,即可知道此蛋白的基因序列,最后是翻译然后比对验证。
4楼2009-08-23 22:48:23
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