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请教MS中能量计算文本中valence(diag.term)与valence(cross term)的关系 发自小木虫Android客户端 |
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刘星雨0120: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2021-09-23 11:07:02
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先正面回答楼主的问题，valence (diag.term)与valence (cross term)两者肯定是有密切关系的。为了理解这个问题需要先了解COMPASS力场能量的组成： 总能量=键能+非键能 （valence energy + non-bond energy） =键能对角项+键能交叉项+非键能 [ valence (diag.term) +valence (cross term) + non-bond energy ] 其中，键能对角项，又包括以下子项目： 1 Valence energy (diag. terms)：键能对角项 1.1 Bond：键长的伸缩 1.2 Angle：键角的弯曲 1.3 Torsion：二面角的扭转 1.4 Inversion（也称out-of-plane interactions）：离平面的弯曲 很好想象，对于一个分子而言，其中的键长、键角、二面角任一发生了变化，那必然引起其他项的变化，比如键角的弯曲，同时会引起键长、二面角的变化，反过来也一样。也就是说，分子中各种键能对角项的变化不是独立的，而是互相影响彼此的，这种互相影响的关系，即称之为交叉耦合（cross coupling）。由这种耦合贡献的能量项，被称之为键能交叉项（cross term，也称off-diagonal term）。 键能交叉项包含的子项目如下： 2 Valence energy (cross terms) [全称是 cross coupling terms]：键能中的交叉耦合项，简称键能交叉项 2.1 Stretch-Stretch：键长伸缩-键长伸缩两者的耦合 2.2 Stretch-Bend-Stretch：键长伸缩-键角弯曲-键长伸缩三者的耦合 2.3 Stretch-Torsion-Stretch：键长伸缩-二面角扭转-键长伸缩三者的耦合 2.4 Separated-Stretch-Stretch：独立的键长伸缩-键长伸缩三者的耦合 2.5 Torsion-Stretch：二面角扭转-键长伸缩两者的耦合 2.6 Bend-Bend：键角弯曲-键角弯曲两者的耦合 2.7 Torsion-Bend-Bend：二面角扭转-键角弯曲-键角弯曲三者的耦合 2.8 Bend-Torsion-Bend：键角弯曲-二面角扭转-键角弯曲三者的耦合 非键能包含的子项目如下： 3 Non-bond energy：非键能 3.1 van der Waals：范德华力能 3.2 Long range correction：范德华力能的长程修正项，适用于周期性模型，非周期性模型不含此项 3.3 Electrostatic：静电力能 |
4楼2021-09-23 11:06:41
200204121
金虫 (正式写手)
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没关系，你力场用的是COMPASS，它里面势函数包含三项，分别是化学键项，主要考虑键长，键角，扭转和二面角。能量交叉项和非键作用项主要考虑范德华力和静电作用。三项之和构成总势能。也即算出来的总能量 发自小木虫Android客户端 |
2楼2021-09-22 20:48:07
3楼2021-09-23 11:02:00
5楼2021-09-23 11:10:35