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刘星雨0120

新虫 (小有名气)

[求助] MS中focite模块的能量计算 已有1人参与

请教MS中能量计算文本中valence(diag.term)与valence(cross term)的关系

MS中focite模块的能量计算


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刘星雨0120

新虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 200204121 at 2021-09-22 20:48:07
没关系,你力场用的是COMPASS,它里面势函数包含三项,分别是化学键项,主要考虑键长,键角,扭转和二面角。能量交叉项和非键作用项主要考虑范德华力和静电作用。三项之和构成总势能。也即算出来的总能量
...

能量交叉项是个什么意思啊,是介于非键与键能的意思?

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3楼2021-09-23 11:02:00
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200204121

金虫 (正式写手)

没关系,你力场用的是COMPASS,它里面势函数包含三项,分别是化学键项,主要考虑键长,键角,扭转和二面角。能量交叉项和非键作用项主要考虑范德华力和静电作用。三项之和构成总势能。也即算出来的总能量

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2楼2021-09-22 20:48:07
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月只蓝

主管区长 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
刘星雨0120: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2021-09-23 11:07:02
先正面回答楼主的问题,valence (diag.term)与valence (cross term)两者肯定是有密切关系的。为了理解这个问题需要先了解COMPASS力场能量的组成:
总能量=键能+非键能 (valence energy + non-bond energy)
          =键能对角项+键能交叉项+非键能 [ valence (diag.term) +valence (cross term) +  non-bond energy ]

其中,键能对角项,又包括以下子项目:
1 Valence energy (diag. terms):键能对角项
1.1 Bond:键长的伸缩
1.2 Angle:键角的弯曲
1.3 Torsion:二面角的扭转
1.4 Inversion(也称out-of-plane interactions):离平面的弯曲

很好想象,对于一个分子而言,其中的键长、键角、二面角任一发生了变化,那必然引起其他项的变化,比如键角的弯曲,同时会引起键长、二面角的变化,反过来也一样。也就是说,分子中各种键能对角项的变化不是独立的,而是互相影响彼此的,这种互相影响的关系,即称之为交叉耦合(cross coupling)。由这种耦合贡献的能量项,被称之为键能交叉项(cross term,也称off-diagonal term)。

键能交叉项包含的子项目如下:
2 Valence energy (cross terms) [全称是 cross coupling terms]:键能中的交叉耦合项,简称键能交叉项
2.1 Stretch-Stretch:键长伸缩-键长伸缩两者的耦合
2.2 Stretch-Bend-Stretch:键长伸缩-键角弯曲-键长伸缩三者的耦合
2.3 Stretch-Torsion-Stretch:键长伸缩-二面角扭转-键长伸缩三者的耦合
2.4 Separated-Stretch-Stretch:独立的键长伸缩-键长伸缩三者的耦合
2.5 Torsion-Stretch:二面角扭转-键长伸缩两者的耦合
2.6 Bend-Bend:键角弯曲-键角弯曲两者的耦合
2.7 Torsion-Bend-Bend:二面角扭转-键角弯曲-键角弯曲三者的耦合
2.8 Bend-Torsion-Bend:键角弯曲-二面角扭转-键角弯曲三者的耦合

非键能包含的子项目如下:
3 Non-bond energy:非键能
3.1 van der Waals:范德华力能
3.2 Long range correction:范德华力能的长程修正项,适用于周期性模型,非周期性模型不含此项
3.3 Electrostatic:静电力能
MATLAB、MS小问题、普通问题请发帖求助!时间精力有限,恕不接受无偿私信求助。
4楼2021-09-23 11:06:41
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刘星雨0120

新虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 月只蓝 at 2021-09-23 11:06:41
先正面回答楼主的问题,valence (diag.term)与valence (cross term)两者肯定是有密切关系的。为了理解这个问题需要先了解COMPASS力场能量的组成:
总能量=键能+非键能 (valence energy + non-bond energy)
     ...

谢谢老师,,懂了

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5楼2021-09-23 11:10:35
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