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张小蛋

新虫 (小有名气)

[求助] pkD46敲除Red重组,出来的单菌落杂合,pCR结果显示既有敲除打靶片段又有原片段 已有1人参与

pkD46敲除Red重组,出来的单菌落杂合,pCR结果显示既有敲除打靶片段又有原片段
打靶片段是PCR产物,上同源臂200bp+下同源臂200bp+SacB Kana gene+下同源臂200bp (下同源臂出现两次是为了,第一次kana抗性筛选后,第二次蔗糖致死筛选,两个下同源臂之间发生二次重组)
pKD46转入MG1655,挑单菌落30℃过夜培养,以1%接种量转接,30℃培养至OD=0.25,加30mM L-阿拉伯糖,继续培养至OD=0.5,冰浴30min,10%甘油洗三次,50ml菌液浓缩至100ul3-4支
打靶片段PCR纯化,DpnI消化,胶回收,浓度100-200ng/ul
4-5ul打靶片段电转化感受态,1mlLB重悬,30℃复苏2h,离心浓缩至200ul,涂布Amp+kana板,30℃,长出几十个菌落,但是菌落PCR发现,原有要敲得基因在,敲上去的打靶片段也在,而且送去测序了,测序证明都在,而且位置都对
也试过37℃复苏培养的,存在同样的问题
考虑是杂合,染菌,划线,传代培养,问题还是在
麻烦大家帮忙想想有什么好的解决办法?
敲除验证引物,在待敲基因上游基因组300bp处,打靶片段SacB基因上,待敲基因下游基因组300bp处,菌落PCR结果都是对的,而且送去测序都是对的
麻烦大家多多帮忙啊~@biostar2009
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lucklizhen

新虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

给我发站内信吧,实验设计的太麻烦了。
2楼2022-04-21 15:51:00
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