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zhaoliang_fly金虫 (小有名气)
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【求助】关于分子动力学的几个初等问题
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关于分子动力学的几个初等问题： 我原是物理专业的学生，考上研究生后老板叫我学习分子动力学模拟，可是我纯粹是新手，不知道从哪里开始啊，也不知道该看些哪些方面的东西。我就问几个初等的问题吧，希望高手给予解答： （1）分子动力学和分子动力学模拟之间是什么关系啊？最初学习的时候有没有什么教材之类的？我一点基本概念都没有。。。。  （2）分子动力学和量子化学里的从头计算法是个什么关系啊？ （3）老板让我看gromacs,这和分子动力学模拟是什么关系啊？ 谢谢高手解答啊！ [ Last edited by zdhlover on 2009-11-15 at 02:43 ] |
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 分子动力学 | MD分子动力学 |
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yalefield
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2楼2009-08-11 20:36:24
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首先，最简单的办法是上google搜索。另外将本站以前的帖子浏览一下，也应该得到你想要的结果。 然后回答你的问题。以下纯粹是我个人的理解，仅供讨论。 1，分子动力学与分子动力学模拟应该是一个意思，具体概念如下：（来自维基百科）： 分子动力学是一套分子模拟方法，该方法主要是依靠牛顿力学来模拟分子体系的运动，以在由分子体系的不同状态构成的系综中抽取样本，从而计算体系的构型积分，并以构型积分的结果为基础进一步计算体系的热力学量和其他宏观性质。 参考书籍，我最初看的有：分子模拟－－从算法到应用，分子模拟的理论与实践。网上都很容易搞到，图书馆一般都有。 2，分子动力学模拟与量子化学计算的理论基础是完全不同的。前者是以牛顿力学为基础，量化计算以现代量子力学为基础。 两者所面对的对象不同，但也不是没有联系。我现在看的一个叫做从头算的分子动力学（ab initio molecular dynamics,简称AIMD），就是将两者结合起来。具体的内容自己上网看。 3，gromacs我没有用过，可能象gaussian一样，是一个计算软件。 |
3楼2009-08-11 20:55:28
yalefield
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从头计算，其实只是一种思路和办法，可以用在很多方面。 例如，对于要离婚的夫妇来说，往往要采取从头算法来分割财产。 分子动力学模拟的软件有很多，如gromacs, namd, dl_poly等。 可以去www.MDbbs.org去看看。 |
4楼2009-08-11 21:02:00
5楼2009-08-11 22:04:30
