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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】autodock受体文件
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taizf

金虫 (小有名气)

[交流] 【求助】autodock受体文件

请教个问题 看到好多文献都是从complex来准备受体文件 我想知道没有complex 或者有个complex但是它的配体是蛋白质  应该怎么处理，怎么定义活性位点

初学autodock大家不要笑话 先谢谢了

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:23 ]
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1楼 2009-08-10 18:17:46
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一步一步

木虫 (著名写手)
★
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引用回帖:
Originally posted by guoyingnba at 2009-8-12 09:17:
没有复合物晶体结构的话那你就要参考文献中的关键位点了，另外你也可以把整个蛋白包在box中用已知的配体进行搜索，找出活性位点。怎么定义活性位点的话还是应当仔细研究蛋白的功能和再考虑你的目的是什么。

我想知道在Sybyl中可否把整个蛋白包在box中用已知的配体进行搜索，找出活性位点？？应该用哪些命令？？
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4楼2009-09-29 16:51:41
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):感谢交流 8-12 10:05
taizf(金币+10,VIP+0):十分感谢您的回复 我想详细请教下，可不可以给我个邮箱或者qq 8-12 11:48
没有复合物晶体结构的话那你就要参考文献中的关键位点了，另外你也可以把整个蛋白包在box中用已知的配体进行搜索，找出活性位点。怎么定义活性位点的话还是应当仔细研究蛋白的功能和再考虑你的目的是什么。
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2楼2009-08-12 09:17:58
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guoyingnba

金虫 (小有名气)
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引用回帖:
Originally posted by guoyingnba at 2009-8-12 09:17:
没有复合物晶体结构的话那你就要参考文献中的关键位点了，另外你也可以把整个蛋白包在box中用已知的配体进行搜索，找出活性位点。怎么定义活性位点的话还是应当仔细研究蛋白的功能和再考虑你的目的是什么。

我的QQ是46483182
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3楼2009-08-13 13:53:02
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gwdavid

木虫 (著名写手)

小木虫散兵坑坑长
★ ★ ★
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lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 12-30 22:15
都可以的，sybyl,insightII,autodock都有活性位点搜索，具体的可以参考相关的教程。一般这个菜单是active site search
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个人博客：[url]http://blog.sina.com.cn/gaiwei[/url]
5楼2009-09-29 16:55:16
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