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ji115826

新虫 (小有名气)

[求助] 我想问一下重新组装基因组要怎么弄

如果想要重新组装一个物种的基因组,因为参考基因组和我的品种之间差异比较大,想重新组装基因组,那都需要采用什么测序方法,测多少X,

@starseacow 发自小木虫Android客户端
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xiaowoodworm

金虫 (正式写手)

不知道你想研究的是啥物种,测序方法是de novo测序(从头测序)主要针对基因组序列未知或参考基因组组装不理想的物种,构建不同类型的基因组DNA文库,并进行序列测定。然后使用生物信息学方法对序列进行拼接、组装和注释,从而绘制该物种完整的基因组序列信息。简单基因组:重复序列低于50%,且二倍体杂合度低于0.5%的物种。



复杂基因组:重复序列高于50%,或二倍体杂合度高于0.5%,或其他多倍体物种。至于测多少×,还跟你研究的物种的基因组大小,重复序列,杂合度等有关,三代测序也可以测,上海派森诺生物可以做。

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2楼2021-04-22 17:31:14
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