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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 电荷不平衡、游离水上加质子晶体解析求助
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 电荷不平衡、游离水上加质子晶体解析求助 已有1人参与

有一个晶体数据，可以解析出结构，但是电荷不平衡。配体是负三价，金属是+2价。解析过程中，不对称单元中有六分之一的配体，六分之一的金属，即负电荷-1/2，而正电荷+1/3，还缺少正电荷+1/6。试图把+1/6正电荷以质子的形式加到游离水上，但是不知道如何处理？请告诉如何处理这个电荷不平衡的问题，还是一开始的解析有错误呢？高手请出手。

晶体数据文件链接: https://pan.baidu.com/s/1sw1gegm4kn_sxjksri8l1g 提取码: v6h5
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1楼 2021-04-20 16:50:12
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我想更懂你29

专家顾问 (文坛精英)
空腔中有游离的东西没解出来，这里可能会存在正电荷粒子，你可以看看类似的文献，看看文献如何处理的

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以大多数人的努力程度，还轮不到去拼天赋的地步
8楼2021-04-21 21:57:52
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mfdsrax2

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
提示页面不存在，再确认下链接有没有错
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2楼2021-04-21 14:33:17
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mfdsrax2 at 2021-04-21 14:33:17
提示页面不存在，再确认下链接有没有错

链接: https://pan.baidu.com/s/1xOC5CdlaLofeIWC6Q2-BOA 提取码: xa37
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3楼2021-04-21 19:15:31
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by mfdsrax2 at 2021-04-21 14:33:17
提示页面不存在，再确认下链接有没有错

谢谢您，现在我把原始文件，和我解析的结构，配体的结构都打包上传了，多谢您的帮助。
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4楼2021-04-21 19:17:10
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mfdsrax2

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
4楼: Originally posted by ljmmarise at 2021-04-21 19:17:10
谢谢您，现在我把原始文件，和我解析的结构，配体的结构都打包上传了，多谢您的帮助。...

我看了你的数据，觉得有两种可能

1. 金属被氧化成+3价
2. 配体是-2电荷，还有一个四唑有氢原子

从晶体的角度第一种可能性大，从化学的角度第二种可能性大
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5楼2021-04-21 20:57:50
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
1. Zn   Cd没有三价可能。2-  如果是第二种情况，我感觉是可能，但是，这个情况如何解析呢？请帮解析，谢谢你。

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6楼2021-04-21 21:13:57
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
part -1命令可以解决吗？

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7楼2021-04-21 21:15:41
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mfdsrax2

至尊木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
6楼: Originally posted by ljmmarise at 2021-04-21 21:13:57
1. Zn   Cd没有三价可能。2-  如果是第二种情况，我感觉是可能，但是，这个情况如何解析呢？请帮解析，谢谢你。

给四唑上加个氢，指定1/6的占有率就行，问题是这个数据里面四唑没有多余位点了，两个与Cd配位，两个与水形成氢键，这个想处理好就比较麻烦。其实就这样问题也不大，你知道有一个四唑上还有氢原子就行
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ljmmarise
9楼2021-04-21 22:21:28
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ljmmarise

至尊木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
9楼: Originally posted by mfdsrax2 at 2021-04-21 22:21:28
给四唑上加个氢，指定1/6的占有率就行，问题是这个数据里面四唑没有多余位点了，两个与Cd配位，两个与水形成氢键，这个想处理好就比较麻烦。其实就这样问题也不大，你知道有一个四唑上还有氢原子就行...

确实是这样的情况。还有一个情况就是，也可以在游离水分子周围找一个Q峰，定为质子H，指定占有率为1/6。按理质子应该是在四氮唑上，N碱性强。但一grow，没配位的四氮唑上N，都有质子氢。

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10楼2021-04-22 00:04:44
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