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greatsaint

银虫 (小有名气)

[交流] TA克隆及测序问题

我现在将PCR产物用克隆试剂盒做了TA克隆,将筛选的阳性克隆做菌液PCR,鉴定阳性克隆时用的引物是第一次PCR时的引物,没用试剂盒中克隆载体上的M13F、M13R通用引物,结果没有扩增出来。我以前这么做过并得到了目的片段,不知道这次怎么没有成功。
用载体上的通用引物鉴定和用原引物通过鉴定有差别吗?
我想再问下,这种TA克隆不算是定向克隆吧?那测出来的岂不是正反义链两条单链的序列?如何取舍?
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huanshi

银虫 (小有名气)


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引用回帖:
Originally posted by greatsaint at 2009-8-11 08:13:


假如只用一个引物测序,并且测通,但是这个序列并不是编码蛋白质的那条链,这样得到的序列可以提交到Genebank吗?还是根据碱基互补原则得到其互补链的序列后再提交呢?

一般都是提交编码链吧。。。、

这样你可以对你提交的序列做更多的注释,比如cds什么的。。
9楼2009-08-11 19:26:02
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erictan2046

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★
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amisking(金币+2,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-10 20:35
如果克隆正确的话,用原引物可以P出来的,像我做TA克隆,都是用原引物P来验证的,没用过载体通用引物。
2楼2009-08-10 11:03:14
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smallcat227

木虫 (著名写手)


amisking(金币+1,VIP+0):欢迎发帖交流! 8-10 20:35
楼上正解,我们也都是用原引物验证的,可能是假阳性呢,最好还是提取质粒验证,结合酶切
3楼2009-08-10 13:16:14
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brightfuture01

木虫之王 (文坛精英)

我爱打老虎

文献杰出贡献

★ ★
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司马诸葛(金币+1,VIP+0): 8-10 16:12
片段上的引物有时候是P不出来的,测序公司偏向于用载体引物测.你要是测通的话就可以反过来比对.如果只测一个反应的话,你觉得插入反向了,可以重新从令一端开始测.
The world is a fine place and worth fighting for. I agree with the second part.
4楼2009-08-10 15:55:55
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