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今天9088

金虫 (小有名气)

[交流] 这些氢键正确吗?

D-H...A                      d(D-H)      d(H...A)    d(D...A)    <(DHA)
O(5)-H(45)...O(3)#1          0.85        1.87        2.708(7)    167.7
O(5)-H(46)...O(2)#2          0.85        1.88        2.694(6)    159.5
O(6)-H(47)...O(9)#3          0.85        2.08        2.838(12)   147.9
O(6)-H(48)...O(8)#4          0.85        1.97        2.802(9)    165.4
O(8)-H(51)...O(4)#5          0.85        1.94        2.692(7)    146.4
O(9)-H(53)...O(6)#6          0.85        2.01        2.838(11)   164.8
O(9)-H(54)...O(5)#5          0.85        2.04        2.821(13)   151.6
O(10)-H(55)...O(11)#7        0.85        2.39        3.22(2)     167.1
O(10)-H(56)...O(8)#8         0.85        2.12        2.742(13)   129.6
O(11)-H(58)...O(10)#9        0.85        2.38        3.22(2)     170.6
O(12)-H(12D)...O(14)#1       0.85        1.92        2.39(3)     112.9
O(13)-H(13A)...O(11)#5       0.85        1.93        2.74(2)     159.1
O(14)-H(14B)...O(12)#10      0.85        2.22        2.39(3)     90.4
O(7)-H(49)...O(6)            0.85        2.33        2.785(15)   113.9
O(11)-H(57)...O(5)           0.85        2.00        2.788(14)   152.8
O(12)-H(12E)...O(13)         0.85        3.19        3.27(4)     87.8
O(8)-H(52)...O(1)            0.85        1.88        2.678(6)    154.7
表中加粗部分的长度3.19 或角度 (90.4)( 87.8)是不是太大或太小,请教高人这个怎么看?谢谢
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从零开始奋斗!
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今天9088

金虫 (小有名气)

您好!

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-6 22:04:
可能供体原子方向不对,也有可能是受体原子选择不对

可能供体原子方向不对?这个怎么理解?如何处理这种情况?谢谢!
从零开始奋斗!
5楼2009-08-07 07:52:11
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)

★ ★
今天9088(金币+1,VIP+0):向您学习! 8-6 22:01
今天9088(金币+1,VIP+0):那我找找看,谢谢! 8-6 22:36
加粗的不能认为是氢键,夹角必须是钝角,可能氢的方向加的不对,删掉氢根据氢键的方向加氢.搜一下前几天的帖子,和xi2004老师讨论C-H∙∙∙O在氢键中的作用是,xi兄提供了很多建议,可以看看

[ Last edited by 腾龙云飞 on 2009-8-6 at 22:02 ]
但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
2楼2009-08-06 21:51:06
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今天9088

金虫 (小有名气)

您好!

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-6 21:51:
加粗的不能认为是氢键,夹角必须是钝角,可能氢的方向加的不对,删掉氢根据氢键的方向加氢

我用的是理论加氢的方法,您说的那个角该是钝角,那是不是事说明我所选的受体原子不对,应该从新选再加氢吗?
从零开始奋斗!
3楼2009-08-06 22:01:18
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)


今天9088(金币+1,VIP+0):谢谢!我试试看! 8-6 22:36
可能供体原子方向不对,也有可能是受体原子选择不对
但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
4楼2009-08-06 22:04:12
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