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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 这些氢键正确吗？
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今天9088

金虫 (小有名气)

[交流] 这些氢键正确吗？

D-H...A                      d(D-H)      d(H...A)    d(D...A)    <(DHA)
O(5)-H(45)...O(3)#1          0.85        1.87        2.708(7)    167.7
O(5)-H(46)...O(2)#2          0.85        1.88        2.694(6)    159.5
O(6)-H(47)...O(9)#3          0.85        2.08        2.838(12)   147.9
O(6)-H(48)...O(8)#4          0.85        1.97        2.802(9)    165.4
O(8)-H(51)...O(4)#5          0.85        1.94        2.692(7)    146.4
O(9)-H(53)...O(6)#6          0.85        2.01        2.838(11)   164.8
O(9)-H(54)...O(5)#5          0.85        2.04        2.821(13)   151.6
O(10)-H(55)...O(11)#7        0.85        2.39        3.22(2)     167.1
O(10)-H(56)...O(8)#8         0.85        2.12        2.742(13)   129.6
O(11)-H(58)...O(10)#9        0.85        2.38        3.22(2)     170.6
O(12)-H(12D)...O(14)#1       0.85        1.92        2.39(3)     112.9
O(13)-H(13A)...O(11)#5       0.85        1.93        2.74(2)     159.1
O(14)-H(14B)...O(12)#10      0.85        2.22        2.39(3)     90.4
O(7)-H(49)...O(6)            0.85        2.33        2.785(15)   113.9
O(11)-H(57)...O(5)           0.85        2.00        2.788(14)   152.8
O(12)-H(12E)...O(13)         0.85        3.19        3.27(4)     87.8
O(8)-H(52)...O(1)            0.85        1.88        2.678(6)    154.7
表中加粗部分的长度3.19 或角度 （90.4）（ 87.8）是不是太大或太小，请教高人这个怎么看？谢谢
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从零开始奋斗！
1楼 2009-08-06 21:40:43
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★ ★
今天9088(金币+1,VIP+0):向您学习！ 8-6 22:01
今天9088(金币+1,VIP+0):那我找找看，谢谢！ 8-6 22:36
加粗的不能认为是氢键，夹角必须是钝角，可能氢的方向加的不对，删掉氢根据氢键的方向加氢.搜一下前几天的帖子，和xi2004老师讨论C-H∙∙∙O在氢键中的作用是，xi兄提供了很多建议，可以看看

[ Last edited by 腾龙云飞 on 2009-8-6 at 22:02 ]
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
2楼2009-08-06 21:51:06
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今天9088

金虫 (小有名气)

您好！

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-6 21:51:
加粗的不能认为是氢键，夹角必须是钝角，可能氢的方向加的不对，删掉氢根据氢键的方向加氢

我用的是理论加氢的方法，您说的那个角该是钝角，那是不是事说明我所选的受体原子不对，应该从新选再加氢吗？
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从零开始奋斗！
3楼2009-08-06 22:01:18
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★
今天9088(金币+1,VIP+0):谢谢！我试试看！ 8-6 22:36
可能供体原子方向不对，也有可能是受体原子选择不对
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
4楼2009-08-06 22:04:12
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今天9088

金虫 (小有名气)

您好！

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-6 22:04:
可能供体原子方向不对，也有可能是受体原子选择不对

可能供体原子方向不对？这个怎么理解？如何处理这种情况？谢谢！
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从零开始奋斗！
5楼2009-08-07 07:52:11
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yingbaobao

新虫 (小有名气)
★
今天9088(金币+1,VIP+0):谢谢参与！ 8-11 08:17
有几个好象不太好
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6楼2009-08-07 08:40:06
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
角度不好的是不是就不用写到文章里了，角度不好也不一定是加氢造成的吧？
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7楼2009-08-07 10:37:13
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
是否写到文章里是根据你氢键在结构中的重要性，而角度不对是晶体学上的错误，如果你写到文章里，编辑肯定要问你。所以只要确认由氢键，角度尽量要正确
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
8楼2009-08-07 10:39:57
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腾龙云飞

金虫 (著名写手)
★ ★
今天9088(金币+1,VIP+0):我这里的那两个氧12和14都是结晶水上的氧，这个怎样条怎角度？ 8-7 14:05
今天9088(金币+1,VIP+0):我再试试看吧！谢谢 8-11 08:17
供体方向不对就是说氢的方向不对，把氢加在请见所在的方向上，就是夹角为钝角。
一般是要重新加氢的，这是对于氢的方向可以改变的情况的，例如甲醇O上的氢，可以调节方向至合适的角度，理论加氢又是给的方向不对，若是苯环这样氢的位置固定不能转动，则考虑是不是别的作用方式，而不是氢键。
仅供参考
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但行好事 莫问前程 _______ 渤海之滨 黄河之津 书生侠骨 义薄惊云
9楼2009-08-07 11:25:03
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今天9088

金虫 (小有名气)

再次表示感谢！

引用回帖:
Originally posted by 腾龙云飞 at 2009-8-7 11:25:
供体方向不对就是说氢的方向不对，把氢加在请见所在的方向上，就是夹角为钝角。
一般是要重新加氢的，这是对于氢的方向可以改变的情况的，例如甲醇O上的氢，可以调节方向至合适的角度，理论加氢又是给的方向不对 ...

这两个有问题的氢键来自结晶水上的氧，这个氧的方向能调吗？还是重新理论加氢，另外您说的甲醇中的氧上氢的方向能调整这个怎么调？谢谢！

[ Last edited by 今天9088 on 2009-8-7 at 14:10 ]
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从零开始奋斗！
10楼2009-08-07 14:09:00
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