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fantastic

银虫 (著名写手)


[交流] 【讨论】做MD,如何补齐受体蛋白缺少的残基呢?

缺少了残基,对md 的结果影响大吗?如何补齐呢?十分感谢!

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:08 ]
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lccbat

金虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
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fantastic(金币+2,VIP+0):谢谢你的回复! 8-1 11:01
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:37
对MD结果有多大影响,不好说。理论上应该补齐,反正俺是知道有人就用缺失残基的蛋白跑MD。
补齐的问题有人问过了,找一个模板,用建模软件如spdbviewer,就可以了。
2楼2009-08-01 10:40:54
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dolphin100

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-3 20:16
insightII 手工补上就可以
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-08-02 16:45:06
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wxti

铜虫 (正式写手)

路过学习
4楼2009-08-02 16:49:17
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ferlich

禁虫 (小有名气)

★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-3 22:14
本帖内容被屏蔽

5楼2009-08-03 21:00:11
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dengw

铁杆木虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 8-5 09:53
应该会有影响,因为某些碱基的存在会对蛋白空间结构产生影响,稳定性也会有变化;而且残基之间有相互作用,缺失可能导致结果有偏差。这个可以用Metarial Studio直接在需要的位置添加残基,非常简单,然后输出一个PDB文件就可以了。
6楼2009-08-05 08:32:49
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