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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【讨论】做MD，如何补齐受体蛋白缺少的残基呢？
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fantastic

银虫 (著名写手)

[交流] 【讨论】做MD，如何补齐受体蛋白缺少的残基呢？

缺少了残基，对md 的结果影响大吗？如何补齐呢？十分感谢！

[ Last edited by lei0736 on 2009-11-24 at 21:08 ]
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1楼 2009-08-01 10:13:30
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lccbat

金虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★ ★
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fantastic(金币+2,VIP+0):谢谢你的回复！ 8-1 11:01
lei0736(金币+2,VIP+0):谢谢 8-2 13:37
对MD结果有多大影响，不好说。理论上应该补齐，反正俺是知道有人就用缺失残基的蛋白跑MD。
补齐的问题有人问过了，找一个模板，用建模软件如spdbviewer，就可以了。
赞一下(11人) 回复此楼
2楼2009-08-01 10:40:54
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dolphin100

木虫 (正式写手)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-3 20:16
insightII 手工补上就可以
赞一下(11人) 回复此楼
Constanteffortscanyieldsuresuccess!
3楼2009-08-02 16:45:06
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wxti

铜虫 (正式写手)
路过学习
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4楼2009-08-02 16:49:17
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ferlich

禁虫 (小有名气)
★ ★
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lei0736(金币+1,VIP+0):谢谢 8-3 22:14
本帖内容被屏蔽
5楼2009-08-03 21:00:11
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dengw

铁杆木虫 (初入文坛)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 8-5 09:53
应该会有影响，因为某些碱基的存在会对蛋白空间结构产生影响，稳定性也会有变化；而且残基之间有相互作用，缺失可能导致结果有偏差。这个可以用Metarial Studio直接在需要的位置添加残基，非常简单，然后输出一个PDB文件就可以了。
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6楼2009-08-05 08:32:49
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