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520@

金虫 (小有名气)

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[交流] CIF错误实例，帮忙讨论一下啊，权当一起学习

这是我一个单晶解出来后，检查CIF时的结果
请大家帮忙修改一下

1.分子量为何不一样？
2.A类错误如何消除？
小弟也是刚学解单晶，欢迎各位高手不吝赐教
#==============================================================================
# PLATON/CHECK-(270606) versus check.def version of 290705  for entry: 7
# Data From: 7.cif - Data Type: CIF          Bond Precision C-C = 0.0056 A
#
# UCL 9.095(2) 13.301(3) 13.552(3) 93.518(3) 97.192(3)  106.361(3)
# WaveLength 0.71073 Volume Reported 1552.7(6)  Calculated 1552.6(6)
# SpaceGroup from Symmetry P -1       Hall: -P 1
#                Reported P-1                ?
# MoietyFormula C54 H50 Cu2 F2 N12 O6 S2, 4(N O3), 4(H2 O)
#    Reported C27 H25 F CU N6 O6 S, 2(N O3), 2(H2 O)
# SumFormula C54 H58 Cu2 F2 N16 O22 S2
#    Reported C27 H29 CU F N8 O11 S# Mr       = 1512.40[Calc], 756.18[Rep]
# Dx,gcm-3  =    1.618[Calc],    0.809[Rep]
# Z       =       1[Calc],       1[Rep]
# Mu (mm-1) =    0.851[Calc],    0.425[Rep]
# F000    =    778.0[Calc],    389.0[Rep]  or F000' = 779.26[Calc]
# Reported T limits: Tmin=0.825             Tmax=0.852 '?'
# Calculated T limits: Tmin=0.819 Tmin'=0.819  Tmax=0.847
# Reported Hmax= 10, Kmax= 16, Lmax= 16, Nref= 5654    , Th(max)= 25.500
# Calculated Hmax= 11, Kmax= 16, Lmax= 16, Nref= 5767    , Ratio  =  0.980
# rho(min) = -0.94, rho(max) =  1.07 e/Ang^3
# R= 0.0530( 4671), wR2= 0.1521( 5654), S = 1.091, Npar= 426
#==============================================================================

      >>> The Following ALERTS were generated <<<
      -------------------------------------------
   Format: alert-number_ALERT_alert-type_alert-level text

043_ALERT_1_A Check Reported Molecular Weight ................    756.18
044_ALERT_1_A Calculated and Reported Dx Differ ..............       ?
051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .    100.24 Perc.
052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..       ?
#==============================================================================
080_ALERT_2_B Maximum Shift/Error ............................    0.19
417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D    H2W ..  H2W    ..    1.66 Ang.
#==============================================================================
041_ALERT_1_C Calc. and Rep. SumFormula Strings Differ ....       ?
042_ALERT_1_C Calc. and Rep. MoietyFormula Strings Differ ....       ?
068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...       ?
125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......       ?
202_ALERT_3_C Isotropic non-H Atoms in Anion/Solvent .........       4
244_ALERT_4_C Low 'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for       N7
244_ALERT_4_C Low 'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for       N8
322_ALERT_2_C Check Hybridisation of  N6    in Main Residue .       ?
352_ALERT_3_C Short N-H Bond (0.87A) N3    - H3    ...    0.76 Ang.
417_ALERT_2_C Short Inter D-H..H-D    H1W ..  H2W    ..    2.12 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O9    ..  C1    ..    3.00 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O9    ..  C19    ..    3.01 Ang.
797_ALERT_4_C N-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence ..       N1
#==============================================================================

[ Last edited by 520@ on 2009-7-31 at 14:11 ]

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1楼 2009-07-31 00:04:03

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wtt689

木虫 (小有名气)

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★ ★
520@(金币+1,VIP+0):谢谢你的帮助 7-31 12:48
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15

Z值不同导致的，修改下Z值就好，貌似是这样的，楼主可以试试

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2楼2009-07-31 09:03:38

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xi2004

至尊木虫 (职业作家)

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520@(金币+1,VIP+0): 7-31 12:50
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15

在.ins中,
修改Z值(减半),
重新修正到收敛就可以.

如果不愿意修正,
则直接改 CIF中的分子量和Formula, 以及Z.
就是以下几项. 不过初学的容易该错. 所以我推荐在.ins中改.

_chemical_formula_moiety
_chemical_formula_sum
'C19 H33 N3 O10 Zn'
_chemical_formula_weight       528.85

_cell_formula_units_Z          8

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xi2004-emuch@163.com

3楼2009-07-31 09:26:27

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244073931

至尊木虫 (著名写手)

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paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15

应该在ins文件中，将Z值减半，然后再精修如下列的ins
TITL a in P-1
CELL  0.71073 8.8580  10.8080  13.4450 88.777 78.374 84.857
ZERR    4.00 0.0020 0.0030 0.0030 0.003 0.003 0.003
LATT 1
SFAC  C H SN O
UNIT  62 48 2 4
MERG 2
改为
TITL a in P-1
CELL  0.71073 8.8580  10.8080  13.4450 88.777 78.374 84.857
ZERR    2.00 0.0020 0.0030 0.0030 0.003 0.003 0.003
LATT 1
SFAC  C H SN O
UNIT  62 48 2 4
MERG 2
即将ZERR后面的4.00改为2.00

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4楼2009-07-31 10:08:26

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