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520@

金虫 (小有名气)

人民的公仆

[交流] CIF错误实例，帮忙讨论一下啊，权当一起学习

这是我一个单晶解出来后，检查CIF时的结果
请大家帮忙修改一下

1.分子量为何不一样？
2.A类错误如何消除？
    小弟也是刚学解单晶，欢迎各位高手不吝赐教
#==============================================================================
# PLATON/CHECK-(270606) versus check.def version of 290705  for entry: 7
# Data From: 7.cif - Data Type: CIF             Bond Precision   C-C = 0.0056 A
#
# UCL    9.095(2)   13.301(3)   13.552(3)    93.518(3)    97.192(3)  106.361(3)
# WaveLength 0.71073    Volume Reported    1552.7(6)  Calculated    1552.6(6)
# SpaceGroup from Symmetry P -1          Hall: -P 1
#                 Reported P-1                  ?
# MoietyFormula C54 H50 Cu2 F2 N12 O6 S2, 4(N O3), 4(H2 O)
#      Reported C27 H25 F CU N6 O6 S, 2(N O3), 2(H2 O)
#    SumFormula C54 H58 Cu2 F2 N16 O22 S2
#      Reported C27 H29 CU F N8 O11 S# Mr        =   1512.40[Calc],    756.18[Rep]
# Dx,gcm-3  =     1.618[Calc],     0.809[Rep]
# Z         =         1[Calc],         1[Rep]
# Mu (mm-1) =     0.851[Calc],     0.425[Rep]
# F000      =     778.0[Calc],     389.0[Rep]  or F000' =    779.26[Calc]
# Reported   T limits: Tmin=0.825              Tmax=0.852 '?'
# Calculated T limits: Tmin=0.819 Tmin'=0.819  Tmax=0.847
# Reported   Hmax= 10, Kmax= 16, Lmax= 16, Nref= 5654       , Th(max)= 25.500
# Calculated Hmax= 11, Kmax= 16, Lmax= 16, Nref= 5767       , Ratio  =  0.980
# rho(min) = -0.94, rho(max) =  1.07 e/Ang^3
# R= 0.0530( 4671), wR2= 0.1521( 5654), S = 1.091, Npar= 426
#==============================================================================

          >>> The Following ALERTS were generated <<<
          -------------------------------------------
     Format: alert-number_ALERT_alert-type_alert-level text

043_ALERT_1_A Check Reported Molecular Weight ................     756.18
044_ALERT_1_A Calculated and Reported Dx Differ ..............          ?
051_ALERT_1_A Mu(calc) and Mu(CIF) Ratio Differs from 1.0 by .     100.24 Perc.
052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..          ?
#==============================================================================
080_ALERT_2_B Maximum Shift/Error ............................       0.19
417_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-D       H2W    ..  H2W     ..       1.66 Ang.
#==============================================================================
041_ALERT_1_C Calc. and Rep. SumFormula Strings    Differ ....          ?
042_ALERT_1_C Calc. and Rep. MoietyFormula Strings Differ ....          ?
068_ALERT_1_C Reported F000 Differs from Calcd (or Missing)...          ?
125_ALERT_4_C No _symmetry_space_group_name_Hall Given .......          ?
202_ALERT_3_C Isotropic non-H Atoms in Anion/Solvent .........          4
244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         N7
244_ALERT_4_C Low   'Solvent' Ueq as Compared to Neighbors for         N8
322_ALERT_2_C Check Hybridisation of  N6     in Main Residue .          ?
352_ALERT_3_C Short   N-H Bond (0.87A)   N3     -   H3     ...       0.76 Ang.
417_ALERT_2_C Short Inter D-H..H-D       H1W    ..  H2W     ..       2.12 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O9     ..  C1      ..       3.00 Ang.
432_ALERT_2_C Short Inter X...Y Contact  O9     ..  C19     ..       3.01 Ang.
797_ALERT_4_C N-Atom in CIF Coordinate List out of Sequence ..         N1
#==============================================================================

[ Last edited by 520@ on 2009-7-31 at 14:11 ]
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1楼 2009-07-31 00:04:03
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wtt689

木虫 (小有名气)
★ ★
520@(金币+1,VIP+0):谢谢你的帮助 7-31 12:48
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15
Z值不同导致的，修改下Z值就好，貌似是这样的，楼主可以试试
赞一下(13人) 回复此楼
2楼2009-07-31 09:03:38
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
520@(金币+1,VIP+0):2 7-31 12:49
520@(金币+1,VIP+0): 7-31 12:50
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15
在.ins中,
修改Z值(减半),
重新修正到收敛就可以.

如果不愿意修正,
则直接改 CIF中的分子量和Formula, 以及Z.
就是以下几项. 不过初学的容易该错. 所以我推荐在.ins中改.


_chemical_formula_moiety         
_chemical_formula_sum
'C19 H33 N3 O10 Zn'
_chemical_formula_weight          528.85

_cell_formula_units_Z             8
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xi2004-emuch@163.com
3楼2009-07-31 09:26:27
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244073931

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
520@(金币+1,VIP+0):3 7-31 12:49
520@(金币+1,VIP+0):1 7-31 12:50
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15
应该在ins文件中，将Z值减半，然后再精修 如下列的ins
TITL a in P-1
CELL  0.71073   8.8580  10.8080  13.4450   88.777   78.374   84.857
ZERR     4.00   0.0020   0.0030   0.0030    0.003    0.003    0.003
LATT   1
SFAC  C    H    SN   O
UNIT  62   48   2    4
MERG   2
改为
TITL a in P-1
CELL  0.71073   8.8580  10.8080  13.4450   88.777   78.374   84.857
ZERR     2.00   0.0020   0.0030   0.0030    0.003    0.003    0.003
LATT   1
SFAC  C    H    SN   O
UNIT  62   48   2    4
MERG   2
即将ZERR后面的4.00改为2.00
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4楼2009-07-31 10:08:26
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520@

金虫 (小有名气)

人民的公仆
谢谢帮助
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5楼2009-07-31 12:50:41
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)
你在顶楼的那个是自己改动后得到的checkcif report吗?

请检查一下 .ins中
以下几行是怎么写的. 贴上来.

ZERR     1.00   0.0020   0.0030   0.0030    0.003    0.003    0.003


SFAC  C    H    SN   O
UNIT  62   48   2    4
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xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-31 15:47:48
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dpzhang

木虫 (正式写手)

nihao

背景看着晕
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生活还要继续
7楼2009-07-31 17:13:21
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15
052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing ..  你的吸收矫正类型应该是SADABS
赞一下(10人) 回复此楼
▄︻┻┳═一................................................
8楼2009-07-31 17:53:51
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
paopaomeng(金币+1,VIP+0):谢谢交流 7-31 22:15
背景是有点晕 呵呵

H2W加的可能有问题
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9楼2009-07-31 18:00:03
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dongdong6930

金虫 (正式写手)
看背景还是看你问题呀？
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10楼2009-08-04 17:14:58
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