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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 综合其他 » 请教rescue experiment 统计学方法
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JZZ3090

新虫 (初入文坛)

[求助] 请教rescue experiment 统计学方法 已有1人参与

最近做了x基因敲除的细胞系，然后在这个细胞系中瞬时表达GFP-x基因,同时检测某表型是否回归正常水平，也就是rescue experiment（不知道中文叫什么，援救实验吗？），现在在做显著性分析，对统计方法产生了疑问。

我设计了三组实验并对其表型进行了定量
1，对照组细胞（无敲除）表达GFP，
2，x基因敲除细胞系表达GFP，
3，x基因敲除细胞系表达GFP-x基因
我需要对比三组数据的表型，即，检验第二组与第一组有是否显著差异，第三组与第二组是否有显著差异，以及第三组是否回归到第一组的水平。

我应该用哪种统计方法进行显著差异分析？
是否应该将三组数据拆成两两一组，分别进行mann whitney test（数据不符合正态分布），还是应该选择其他检验方法？
我也考虑了kruskal-wallis test和two-way ANOVA
kruskal-wallis的问题是，我的数据中，表型受两种因素影响（细胞系和表达的基因），并非单因素分析
用two-way ANOVA的话，缺少了一组【对照组细胞表达GFP-x】的数据，无法进行分析，而且我觉得这组数据对实验结论没有影响

不知道有没有对统计学比较了解的或者做过此类实验的人能帮忙解答一下我的问题。
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1楼 2021-01-31 14:43:33
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

第一组和第三组比较确实不够严谨，这个得看审稿人对于数据的严谨性要求有多严格了。
如果对照组是一个敲除对照会好一些，也就是说对照组也转了Cas9和一个不能针对任何基因的sgRNA。
当然还有一种策略是用siRNA敲低，对照组转一个不能针对任何基因的对照siRNA。这样就保证了三组都用同一个细胞系。
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
4楼2021-02-02 10:19:21
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fuyuandj86

版主 (著名写手)

己所不欲，勿施于人

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
"检验第二组与第一组有是否显著差异，第三组与第二组是否有显著差异，以及第三组是否回归到第一组的水平"
就按照这个做三次t检验就好了，不用搞那么复杂
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The doer of good becomes good, the doer of evil becomes evil.
2楼2021-01-31 22:43:49
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JZZ3090

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
2楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-01-31 22:43:49
"检验第二组与第一组有是否显著差异，第三组与第二组是否有显著差异，以及第三组是否回归到第一组的水平"
就按照这个做三次t检验就好了，不用搞那么复杂

谢谢解答，因为金币不够所以没能及时回复。。。
请问第一组与第三组比较也可以用t检验吗？细胞系和表达的基因都不一样。
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3楼2021-02-02 10:02:03
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JZZ3090

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by fuyuandj86 at 2021-02-02 10:19:21
第一组和第三组比较确实不够严谨，这个得看审稿人对于数据的严谨性要求有多严格了。
如果对照组是一个敲除对照会好一些，也就是说对照组也转了Cas9和一个不能针对任何基因的sgRNA。
当然还有一种策略是用siRNA敲低 ...

谢谢您的回复。
siRNA的策略确实做了，但由于一些原因放弃了这个方法，所以在用Cas9做。
比较麻烦的是没有时间再做对照细胞系了，所以想找一个合适的统计方法。
请问，不对比第一组和第三组，只对比第二组与第一组，和第二组与第三组的数据，如果都有显著性差异是否能说明结论？
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5楼2021-02-02 14:14:22
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