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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)

现在的情况:比较熟悉linux 系统,ms软件,atk软件及atk脚本生成和运行方法。
                     vasp才开始接触
现在的需求:想接触vasp,看手册2天,手工实验一上午。

现在自己只会运行一些简单的例子,比如参考书中的单分子能量,结构优化,具体的命令只会把四个文件放一起,然后./vasp运行,然后分析结果。
vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子,自己却一点都搞不得如何生成脚本,如何用命令执行脚本。

具体问题:如何生成vasp脚本(什么语言写的,最好生成过程的给个例子);
                 在运行vasp脚本时,命令如何?

因为是初学者,麻烦大家了

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xbaobei

铜虫 (小有名气)

我的脚本运行失败了。。

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:34
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改,还请高手们指点指点呀

脚本文件是
#! /bin/bash
BIN=/home/yyr/bin/vasp
rm WAVECAR
for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
   $i
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
   1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E  >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc

但是./loop.sh之后
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
a= 3.5
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
FORTRAN STOP
tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory


我是把脚本,INCAR,POTCAR,KPOINT,都放在一个文件夹里面运行的,是不是节点选取的问题呢,具体怎么解决呢?
9楼2009-08-14 16:55:50
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

是不是要把一个写好的脚本编译什么的?
不清楚,闷闷闷....
2楼2009-07-27 14:56:40
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)


zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论! 7-28 16:26
ATK中的脚本就很简单,模型建立好,放入SCRIPT菜单,自己就生成了,需要什么性质或参数,直接在.py文件中改,运行更简单:直接 atk .....py就可以了。
3楼2009-07-27 15:00:45
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六198

金虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
fangyongxinxi(金币+3,VIP+0):000000 7-27 15:28
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论! 7-28 16:26
生成脚本就是编写某个***.sh的文件,然后chmod +x ***.sh
在然后就./***.sh就能运行了,搂主比较熟悉linux难道还不知道shell么??
穷理求真真贯纵横皆入咏致知格物物含妙理总堪寻
4楼2009-07-27 15:14:35
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