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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)

[交流] 【求助】特别初级问题(如何编写、运行vasp脚本)

现在的情况：比较熟悉linux 系统，ms软件，atk软件及atk脚本生成和运行方法。
                     vasp才开始接触
现在的需求：想接触vasp,看手册2天，手工实验一上午。

现在自己只会运行一些简单的例子，比如参考书中的单分子能量，结构优化，具体的命令只会把四个文件放一起，然后./vasp运行，然后分析结果。
vasp中文手册中有关于生成脚本和脚本运行的相关例子，自己却一点都搞不得如何生成脚本，如何用命令执行脚本。

具体问题：如何生成vasp脚本（什么语言写的，最好生成过程的给个例子）；
                 在运行vasp脚本时，命令如何？

因为是初学者，麻烦大家了

6个金币相送。
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1楼 2009-07-27 14:53:21
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
★
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:26
ATK中的脚本就很简单，模型建立好，放入SCRIPT菜单，自己就生成了，需要什么性质或参数，直接在.py文件中改，运行更简单：直接 atk .....py就可以了。
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3楼2009-07-27 15:00:45
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★ ★ ★ ★ ★
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zxzj05(金币+2,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:27
fangyongxinxi(金币+2,VIP+0): 7-29 09:57
楼主给金币给的好快……
补充一点，vasp使用脚本的目的是为了用脚本来循环改变vasp的输入文件，多次运行vasp后把自己需要的数据保存下来。可以简化输入过程，一次实现大量相关计算任务。
这里用到的shell脚本可以基本分为三部分：
1. 循环改变VASP的输入文件，常用for循环，改变INCAR、POSCAR、KPOINTS等文件中的参数。
2.执行vasp的命令。如：mpirun -np 16 vasp
3.保存数据，常用echo >>将多次循环中的统一参数保存到同一文件中以便比较，或者将每次计算的OUTCAR、DOSCAR等文件分别拷出。
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6楼2009-07-27 15:38:25
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普通回帖

fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
是不是要把一个写好的脚本编译什么的？
不清楚，闷闷闷....
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2楼2009-07-27 14:56:40
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六198

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
fangyongxinxi(金币+3,VIP+0):000000 7-27 15:28
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:26
生成脚本就是编写某个＊＊＊.sh的文件，然后chmod ＋x ＊＊＊.sh
在然后就./***.sh就能运行了，搂主比较熟悉linux难道还不知道shell么？？
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穷理求真真贯纵横皆入咏致知格物物含妙理总堪寻
4楼2009-07-27 15:14:35
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veryman

木虫 (正式写手)

$_$
★ ★ ★ ★
fangyongxinxi(金币+3,VIP+0):000000 7-27 15:27
zxzj05(金币+1,VIP+0):3Q!~ ^_^ 鼓励讨论！ 7-28 16:26
vasp用到的脚本就是用shell脚本来执行vasp，用到的语法就是对应你linux用到的shell语言。
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5楼2009-07-27 15:21:11
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mazuju028

木虫 (正式写手)
5楼讲得好。
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锐气藏于胸，和气浮于脸，才气见于事，义气施与人
7楼2009-07-27 19:31:45
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fangyongxinxi

新虫 (正式写手)
如果上天再给我一次机会
我会把今天领的红包----5个金币
全部放到5楼门前

ps版主好像可以扣我金币到5楼不？
   可以的话，扣我6个给5楼的同学，哈哈。
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8楼2009-07-28 08:45:46
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xbaobei

铜虫 (小有名气)

我的脚本运行失败了。。

★ ★
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fegg7502(金币+1,VIP+0):鼓励交流 8-16 17:34
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改，还请高手们指点指点呀

脚本文件是
#! /bin/bash
BIN=/home/yyr/bin/vasp
rm WAVECAR
for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR < fcc:
   $i
0.5 0.5 0.0
0.0 0.5 0.5
0.5 0.0 0.5
   1
cartesian
0 0 0
!
echo "a= $i" ; $BIN
E=`tail -1 OSZICAR` ; echo $i $E  >>SUMMARY.fcc
done
cat SUMMARY.fcc

但是./loop.sh之后
rm: cannot remove `WAVECAR': No such file or directory
a= 3.5
Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.
FORTRAN STOP
tail: cannot open `OSZICAR' for reading: No such file or directory


我是把脚本，INCAR，POTCAR，KPOINT，都放在一个文件夹里面运行的，是不是节点选取的问题呢，具体怎么解决呢？
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9楼2009-08-14 16:55:50
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hlshi

金虫 (正式写手)
★ ★
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yjr(金币+1,VIP+0):谢谢！！ 8-15 12:15
出现这个错误“Error reading item 'IMAGES' from file INCAR.”
应该是你当前目录下没有POTCAR文件，或者该文件是空的
引用回帖:
Originally posted by xbaobei at 2009-8-14 16:55:
我运行脚本的时候有错。。不知道具体怎么更改，还请高手们指点指点呀

脚本文件是
#! /bin/bash
BIN=/home/yyr/bin/vasp
rm WAVECAR
for i in  3.5 3.6 3.7 3.8 3.9 4.0 4.1 4.2 4.3 ; do
cat >POSCAR  ...

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10楼2009-08-15 12:02:06
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