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glai8818木虫 (著名写手)
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[交流]
【讨论】并行计算与体系的大小
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| 大家好，我在用gromacs做并行计算的时候，5000（大约）个原子以下的体系并行效率很高，四个核都100%运行，而对更大的体系，则效率很差，四个核都只占用70%，最后总的效率还不如单核计算的，而通常到中途计算就中断了。很奇怪啊，既然cpu没有完全占用，那么说明不是cpu的问题，是内存的原因吗？我的内存很大的啊，4G，困惑中...... |
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2楼2009-07-25 21:36:47
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3楼2009-07-25 21:43:26
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4楼2009-07-25 21:53:50
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5楼2009-07-25 22:06:22
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zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢分享！ 9-5 12:54
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经过这几天试探，感觉应该是负载(不)平衡引起的, load balancing用掉的时间好像太高, 达30%, 负载平衡这一项高是由什么引起的？与体系的大小有什么联系？很奇怪这时候为什么cpu只运行70%左右？如何解决? 我以前没有试过并行，请问用过并行的朋友，这是以前版本就有，还是4.0版以后才有的，我的单核运行不管是什么版本都没有这一项，是不是3.3并行不会产生这个问题？ 并行正常的情况： Average load imbalance: 3.4 % 并行不正常的情况： Average load imbalance: 29.2 % |
6楼2009-07-27 13:05:02
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7楼2009-09-05 16:59:19
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zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-5 12:54
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关于体系有个需要注意的问题是在做平行化处理的时候，程序对体系是否处理妥当，有可能体系太过于复杂，程序直接处理分给不同核的任务时难以简单分割，例如某些大分子之类，这样的话在各个核之间需要频繁通信来交换数据这样的话用于Load banlance的时间可想而知就多了，同样原子数如果处理小分子流体可能就会好很多。楼上提到的总线问题的却对i7之前的U来说是个问题，但是我觉得这个对于QM级别来说会非常突出，对于MD来说可能还可以，当然一家之言啦。Gromacs同样提供了程序参数来优化分割问题，看看manual吧，grompp方面。 |
8楼2009-09-05 17:26:03