| 查看: 514 | 回复: 7 | |||
| 当前主题已经存档。 | |||
| 【有奖交流】积极回复本帖子，参与交流，就有机会分得作者 glai8818 的 7 个金币 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
glai8818木虫 (著名写手)
|
[交流]
【讨论】并行计算与体系的大小
|
||
| 大家好，我在用gromacs做并行计算的时候，5000（大约）个原子以下的体系并行效率很高，四个核都100%运行，而对更大的体系，则效率很差，四个核都只占用70%，最后总的效率还不如单核计算的，而通常到中途计算就中断了。很奇怪啊，既然cpu没有完全占用，那么说明不是cpu的问题，是内存的原因吗？我的内存很大的啊，4G，困惑中...... |
回复此楼» 猜你喜欢
300求调剂
已经有12人回复
-
材料相关专业344求调剂双非工科学校或课题组
已经有26人回复
-
291求调剂
已经有10人回复
-
一志愿沪9，326求生物学调剂
已经有12人回复
-
0854求调剂
已经有26人回复
-
生物学调剂
已经有10人回复
-
求调剂
已经有3人回复
-
320求调剂
已经有5人回复
-
接受任何调剂
已经有7人回复
-
化学070300 求调剂
已经有29人回复
★ ★
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-5 12:54
zeoliters(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流！ 9-5 12:54
|
关于体系有个需要注意的问题是在做平行化处理的时候，程序对体系是否处理妥当，有可能体系太过于复杂，程序直接处理分给不同核的任务时难以简单分割，例如某些大分子之类，这样的话在各个核之间需要频繁通信来交换数据这样的话用于Load banlance的时间可想而知就多了，同样原子数如果处理小分子流体可能就会好很多。楼上提到的总线问题的却对i7之前的U来说是个问题，但是我觉得这个对于QM级别来说会非常突出，对于MD来说可能还可以，当然一家之言啦。Gromacs同样提供了程序参数来优化分割问题，看看manual吧，grompp方面。 |
8楼2009-09-05 17:26:03
tjpm
金虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1025.7
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 367
- 在线: 19.3小时
- 虫号: 717334
- 注册: 2009-03-07
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
2楼2009-07-25 21:36:47
glai8818
木虫 (著名写手)
- 应助: 11 (小学生)
- 金币: 4017.1
- 散金: 8024
- 红花: 7
- 帖子: 2579
- 在线: 1427.4小时
- 虫号: 344387
- 注册: 2007-04-13
- 性别: GG
- 专业: 化学动力学
3楼2009-07-25 21:43:26
tjpm
金虫 (正式写手)
- 1ST强帖: 1
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1025.7
- 散金: 10
- 红花: 1
- 帖子: 367
- 在线: 19.3小时
- 虫号: 717334
- 注册: 2009-03-07
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
4楼2009-07-25 21:53:50
50