应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock配体结构化学键错乱
51/1返回列表
查看: 1566  |  回复: 5
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
【悬赏金币】回答本帖问题，作者笔冰河将赠送您 20 个金币
当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖

笔冰河

银虫 (小有名气)

[求助] autodock配体结构化学键错乱 已有1人参与

使用autodock进行分子对接使，打开的配体结构化学键错乱（如下图），但在pymol和chimera里面打开是对的，请问是什么原因呢？求助各位，非常感谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
1楼 2020-12-04 11:15:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笔冰河

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 16:30:29
你注意看autodock能不能识别pdb格式的小分子，不行就用sdf或者mol2
...

autodock可以识别pdb格式，但是化学键会错配，sdf格式识别不了。
赞一下 回复此楼
5楼2020-12-05 13:41:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答

小木翔AI

新虫 (著名写手)
看不见图，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
2楼2020-12-04 11:40:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

笔冰河

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 11:40:29
看不见图，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容

本来是sdf格式，在pymol里打开保存成pdb格式了。
没找到上传图片的地方。。。￣□￣｜｜
赞一下 回复此楼
3楼2020-12-04 15:20:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

小木翔AI

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笔冰河 at 2020-12-04 15:20:08
本来是sdf格式，在pymol里打开保存成pdb格式了。
没找到上传图片的地方。。。￣□￣｜｜...

你注意看autodock能不能识别pdb格式的小分子，不行就用sdf或者mol2

发自小木虫Android客户端
赞一下 回复此楼
4楼2020-12-04 16:30:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 6 个回答
不应助 确定回帖应助 (注意：应助才可能被奖励，但不允许灌水，必须填写15个字符以上)
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料294求调剂 +3 cczaxk 2026-03-12 3/150 2026-03-12 21:58 by barlinike
[考研] 315求调剂 +5 小羊小羊_ 2026-03-11 6/300 2026-03-12 20:36 by 倒数321?
[考研] 304求调剂 +3 Mochaaaa 2026-03-12 4/200 2026-03-12 20:29 by peike
[考研] 085701环境工程专硕求调剂 +8 幼稚园大班打手 2026-03-08 8/400 2026-03-12 15:12 by 每天只摆一小会
[考研] 标题:捡漏预警|08工科/09农学调剂!英语要求低，过线即有机会! +9 马超放烟花 2026-03-07 15/750 2026-03-12 14:07 by 马超放烟花
[考研] 一志愿北京化工大学材料与化工296分求调剂 +15 稻妻小编 2026-03-09 17/850 2026-03-11 22:45 by 2020015
[考研] 0703求调剂 +6 jtyq001 2026-03-10 6/300 2026-03-11 22:18 by peike
[考研] 279求调剂 +3 莫xiao 2026-03-10 4/200 2026-03-11 08:06 by 斩魂滴兔子！
[考研] 307求调剂 +6 超级伊昂大王 2026-03-10 6/300 2026-03-10 22:46 by 星空星月
[考研] 308求调剂 +4 是Lupa啊 2026-03-08 7/350 2026-03-10 18:25 by 清风月
[考研] 材料工程专硕调剂自荐信，初试323 +6 李白26 2026-03-07 6/300 2026-03-10 16:16 by 无际的草原
[考研] 求调剂 一志愿苏州大学，0856化工323分 | 本科应化 | 有专利/竞赛/科研助手经历 | +7 橙子cyx 2026-03-06 9/450 2026-03-10 12:03 by kiokin
[考研] 调剂的同学，走过路过，不要错过 +11 likeihood 2026-03-06 16/800 2026-03-10 11:38 by Djdjj12
[考研] 293求调剂 +4 上班不着吉 2026-03-09 4/200 2026-03-09 22:43 by bingxueer79
[基金申请] 面上项目还需要AI说明吗？ +3 liyundong 2026-03-08 3/150 2026-03-09 22:30 by kingkocxr
[考研] 269求调剂 +3 朔朔话 2026-03-08 4/200 2026-03-08 20:39 by 热情沙漠
[考研] 化学290求调剂 +3 两颗 西柚 2026-03-07 4/200 2026-03-07 20:55 by macy2011
[考研] 第一志愿上海大学，专业化学工程与技术，总分288，求调剂 +3 1829197082 2026-03-07 3/150 2026-03-07 19:14 by houyaoxu
[考研] 一志愿211 085600 280数二英二求调剂 +3 月山斜 2026-03-06 3/150 2026-03-07 18:56 by houyaoxu
[考研] 276求调剂 本科天津工业大学 一志愿北京化工大学0855 +4 路lyh123 2026-03-06 6/300 2026-03-07 11:37 by shdliugang
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭