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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » autodock配体结构化学键错乱
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笔冰河

银虫 (小有名气)

[求助] autodock配体结构化学键错乱 已有1人参与

使用autodock进行分子对接使，打开的配体结构化学键错乱（如下图），但在pymol和chimera里面打开是对的，请问是什么原因呢？求助各位，非常感谢！
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1楼 2020-12-04 11:15:35
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
看不见图，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容

发自小木虫Android客户端
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2楼2020-12-04 11:40:29
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笔冰河

银虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 11:40:29
看不见图，不知道你的小分子是什么格式的，有可能是不兼容

本来是sdf格式，在pymol里打开保存成pdb格式了。
没找到上传图片的地方。。。￣□￣｜｜
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3楼2020-12-04 15:20:08
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小木翔AI

新虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 笔冰河 at 2020-12-04 15:20:08
本来是sdf格式，在pymol里打开保存成pdb格式了。
没找到上传图片的地方。。。￣□￣｜｜...

你注意看autodock能不能识别pdb格式的小分子，不行就用sdf或者mol2

发自小木虫Android客户端
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4楼2020-12-04 16:30:29
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笔冰河

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 小木翔AI at 2020-12-04 16:30:29
你注意看autodock能不能识别pdb格式的小分子，不行就用sdf或者mol2
...

autodock可以识别pdb格式，但是化学键会错配，sdf格式识别不了。
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5楼2020-12-05 13:41:53
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cngdkpmg

铁虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

可能是分子结构没有处理好，百度搜索【小工具教程 准备化合物结构】处理下。推荐用DOCK 6来对接，免费而且计算准确。搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算教程，简单操作，能分析八大经典相互作用。
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6楼2021-11-23 18:36:06
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