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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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hongchen973

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Open Babel 2.2.1

我想用化合物的SMILES号转成MOL格式文件，
但是用Open Babel 2.2.1似乎有点问题。
带苯环的转换出来的格式不对呀，好像环类都不太对。
莫非是我没有设置哪个选项？
另外，我还想批处理。。。
还请大侠指导！
下面的图是我转换的苯酚，怎么就少了一半？
另外我转个环己烷吧，回头一看就是五个碳的奇怪的环。

感谢 yalefield  同学，问题解决。
在input和output之间convert的条件选上generate 3D coordinate就可以了。至于去氢好像不太影响，就是显示问题。
还有听说这个软件有批处理的功能，我再研究研究。
做计算的人如果想要转换SMILES到结构，这个软件还是不错的。
也有在线的ONLINE SMILES TRANSLATOR, 也很方便。

[ Last edited by mingdong on 2009-11-15 at 22:53 ]
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1楼 2009-07-24 17:10:40
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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
hongchen973(金币+2):谢谢参与
hongchen973(金币+4,VIP+0):谢谢~~~我的是windows版本，去氢和generate3d都选上就好了。谢谢。 7-28 14:48
贴出来看。

不要图，图（Image）没有用。
（对软件来说，图是死胡同，有去无回）

(1) 把你的SMILES串c(ccc1O)cc1存成myring.smi文件

(2)
CODE:
babel –d –ismi myring.smi –omol myring-3d.mol ––gen3d



别忘了--gen3d，两个减号！
那个-d是避免产生H原子

(3) 看看myring-3d.mol怎么样：

CODE:
OpenBabel07250900193D

  7  7  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3661   -0.0797    0.0135 C   0  0  0  0  0
   -0.7367    1.1661    0.0036 C   0  0  0  0  0
    0.6552    1.2426   -0.0235 C   0  0  0  0  0
    1.4086    0.0736   -0.0407 C   0  0  0  0  0
    2.7667    0.1937   -0.0674 O   0  0  0  0  0
   -0.6029   -1.2481   -0.0037 C   0  0  0  0  0
    0.7913   -1.1738   -0.0309 C   0  0  0  0  0
  1  2  2  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  3  1  0  0  0
  3  4  2  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  4  5  1  0  0  0
  6  7  2  0  0  0
M  END



[ Last edited by yalefield on 2009-7-25 at 00:26 ]
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2楼2009-07-24 18:54:28
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tanlaixun

禁言 (知名作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
3楼2009-07-24 22:46:04
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yy0520yy

金虫 (职业作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
偶不会用阿！
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4楼2009-07-24 23:47:12
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wangdadun

银虫 (著名写手)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
不会了，以前好像见过，
赞一下(1人) 回复此楼
不懈追求，享受人生
5楼2009-07-25 07:32:12
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木子海

金虫 (正式写手)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
不会用哦！！！顶一下
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6楼2009-07-26 13:55:53
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littlemark

木虫 (职业作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了
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7楼2009-07-26 16:16:53
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panda123

银虫 (小有名气)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了！谢谢楼主！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2009-07-26 17:11:19
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tzgeorge12

金虫 (知名作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了
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9楼2009-07-26 20:40:23
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执古御今

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
帮顶吧
不会用
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10楼2009-07-26 20:42:33
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