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hongchen973铜虫 (正式写手)
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[交流]
【求助】Open Babel 2.2.1
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我想用化合物的SMILES号转成MOL格式文件， 但是用Open Babel 2.2.1似乎有点问题。 带苯环的转换出来的格式不对呀，好像环类都不太对。 莫非是我没有设置哪个选项？ 另外，我还想批处理。。。 还请大侠指导！ 下面的图是我转换的苯酚，怎么就少了一半？ 另外我转个环己烷吧，回头一看就是五个碳的奇怪的环。 感谢 yalefield 同学，问题解决。 在input和output之间convert的条件选上generate 3D coordinate就可以了。至于去氢好像不太影响，就是显示问题。 还有听说这个软件有批处理的功能，我再研究研究。 做计算的人如果想要转换SMILES到结构，这个软件还是不错的。 也有在线的ONLINE SMILES TRANSLATOR, 也很方便。 [ Last edited by mingdong on 2009-11-15 at 22:53 ] |
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wangdadun
银虫 (著名写手)
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5楼2009-07-25 07:32:12
yalefield
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- 管辖: 计算模拟
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hongchen973(金币+2):谢谢参与
hongchen973(金币+4,VIP+0):谢谢~~~我的是windows版本，去氢和generate3d都选上就好了。谢谢。 7-28 14:48
hongchen973(金币+2):谢谢参与
hongchen973(金币+4,VIP+0):谢谢~~~我的是windows版本，去氢和generate3d都选上就好了。谢谢。 7-28 14:48
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贴出来看。 不要图，图（Image）没有用。 （对软件来说，图是死胡同，有去无回） (1) 把你的SMILES串c(ccc1O)cc1存成myring.smi文件 (2) 别忘了--gen3d，两个减号！ 那个-d是避免产生H原子 (3) 看看myring-3d.mol怎么样： [ Last edited by yalefield on 2009-7-25 at 00:26 ] |
2楼2009-07-24 18:54:28
6楼2009-07-26 13:55:53
8楼2009-07-26 17:11:19
