应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 计算模拟 » 其他 » 【求助】Open Babel 2.2.1
161/2返回列表12下一页
查看: 1650  |  回复: 15
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看
当前主题已经存档。

hongchen973

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】Open Babel 2.2.1

我想用化合物的SMILES号转成MOL格式文件，
但是用Open Babel 2.2.1似乎有点问题。
带苯环的转换出来的格式不对呀，好像环类都不太对。
莫非是我没有设置哪个选项？
另外，我还想批处理。。。
还请大侠指导！
下面的图是我转换的苯酚，怎么就少了一半？
另外我转个环己烷吧，回头一看就是五个碳的奇怪的环。

感谢 yalefield  同学，问题解决。
在input和output之间convert的条件选上generate 3D coordinate就可以了。至于去氢好像不太影响，就是显示问题。
还有听说这个软件有批处理的功能，我再研究研究。
做计算的人如果想要转换SMILES到结构，这个软件还是不错的。
也有在线的ONLINE SMILES TRANSLATOR, 也很方便。

[ Last edited by mingdong on 2009-11-15 at 22:53 ]
回复此楼

» 猜你喜欢
1楼 2009-07-24 17:10:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚
★ ★ ★ ★ ★
hongchen973(金币+2):谢谢参与
hongchen973(金币+4,VIP+0):谢谢~~~我的是windows版本，去氢和generate3d都选上就好了。谢谢。 7-28 14:48
贴出来看。

不要图，图（Image）没有用。
（对软件来说，图是死胡同，有去无回）

(1) 把你的SMILES串c(ccc1O)cc1存成myring.smi文件

(2)
CODE:
babel –d –ismi myring.smi –omol myring-3d.mol ––gen3d



别忘了--gen3d，两个减号！
那个-d是避免产生H原子

(3) 看看myring-3d.mol怎么样：

CODE:
OpenBabel07250900193D

  7  7  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000
   -1.3661   -0.0797    0.0135 C   0  0  0  0  0
   -0.7367    1.1661    0.0036 C   0  0  0  0  0
    0.6552    1.2426   -0.0235 C   0  0  0  0  0
    1.4086    0.0736   -0.0407 C   0  0  0  0  0
    2.7667    0.1937   -0.0674 O   0  0  0  0  0
   -0.6029   -1.2481   -0.0037 C   0  0  0  0  0
    0.7913   -1.1738   -0.0309 C   0  0  0  0  0
  1  2  2  0  0  0
  1  6  1  0  0  0
  2  3  1  0  0  0
  3  4  2  0  0  0
  4  7  1  0  0  0
  4  5  1  0  0  0
  6  7  2  0  0  0
M  END



[ Last edited by yalefield on 2009-7-25 at 00:26 ]
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2009-07-24 18:54:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tanlaixun

禁言 (知名作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
本帖内容被屏蔽
3楼2009-07-24 22:46:04
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yy0520yy

金虫 (职业作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
偶不会用阿！
回复此楼
4楼2009-07-24 23:47:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

wangdadun

银虫 (著名写手)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
不会了，以前好像见过，
赞一下(1人) 回复此楼
不懈追求，享受人生
5楼2009-07-25 07:32:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

木子海

金虫 (正式写手)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
不会用哦！！！顶一下
回复此楼
6楼2009-07-26 13:55:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

littlemark

木虫 (职业作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了
回复此楼
7楼2009-07-26 16:16:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

panda123

银虫 (小有名气)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了！谢谢楼主！
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2009-07-26 17:11:19
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tzgeorge12

金虫 (知名作家)
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
长见识了
回复此楼
9楼2009-07-26 20:40:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

执古御今

荣誉版主 (文坛精英)

优秀区长优秀版主
★
hongchen973(金币+1):谢谢参与
帮顶吧
不会用
回复此楼
10楼2009-07-26 20:42:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 hongchen973 的主题更新
161/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 朋友圈看到的 +6 wangzilk 2026-08-18 7/350 2026-08-19 10:48 by bugaboo
[基金申请] 时间戳变了，能看出什么问题？ +10 基诺咪客 2026-08-17 14/700 2026-08-19 10:34 by 基诺咪客
[基金申请] 今天基金会出结果吗？20260819 +7 kkkl_v 2026-08-19 7/350 2026-08-19 10:28 by pfeng
[基金申请] filecode，4个jtjc了 +4 ziyangfang 2026-08-19 4/200 2026-08-19 10:23 by JChen2024
[基金申请] 今天放榜吗？ +11 布布和一二 2026-08-19 11/550 2026-08-19 10:06 by xter9665
[基金申请] 快农历七夕节了，轻松一下，男人悄悄话，女施主请不要进来。 +6 Tide man 2026-08-14 7/350 2026-08-19 09:56 by ZJTJZ
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +4 Tide man 2026-08-12 5/250 2026-08-19 07:41 by 201120518022
[基金申请] 重要消息，中午系统在维护 +10 yuleib84 2026-08-18 11/550 2026-08-19 07:30 by 羽毛枫f
[教师之家] 为什么余额宝的年化利率越来越低？主要原因有哪些？ +3 瞬息宇宙 2026-08-15 3/150 2026-08-18 21:40 by xiaohuixin
[基金申请] 明天放榜？ +5 Shxjjxjkx 2026-08-18 5/250 2026-08-18 18:14 by -大大大大大-
[论文投稿] 投稿咨询 +4 wwm09 2026-08-17 6/300 2026-08-18 15:36 by wwm09
[基金申请] 时间戳又变了8-15 +14 archvillain 2026-08-15 26/1300 2026-08-18 13:37 by phantomgost
[基金申请] 今天维护系统维护 祝所有人 高中 +8 gjjjzhong 2026-08-18 9/450 2026-08-18 13:01 by 家与远方
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +13 Ldrop2023 2026-08-13 16/800 2026-08-18 12:25 by 淀粉搬运工
[基金申请] 93BebMhtakh前后11位开头都是大写 +4 且听虎啸 2026-08-17 5/250 2026-08-18 00:49 by 蔡棒棒菂
[基金申请] 感觉是下周放榜了 +6 angus9576 2026-08-17 11/550 2026-08-17 23:57 by angus9576
[基金申请] 今天系统多次维护，明天很可能放榜！ +8 zju2000 2026-08-16 9/450 2026-08-17 12:20 by lmz0216
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 重要来源：本周末出结果 +10 瞬息宇宙 2026-08-12 10/500 2026-08-13 15:46 by likettle
[基金申请] Filecode 又变了，巨变 +3 WH3796 2026-08-12 4/200 2026-08-13 14:13 by 小木虫6752397
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭