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hongchen973

铜虫 (正式写手)

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[交流] 【求助】Open Babel 2.2.1

我想用化合物的SMILES号转成MOL格式文件，
但是用Open Babel 2.2.1似乎有点问题。
带苯环的转换出来的格式不对呀，好像环类都不太对。
莫非是我没有设置哪个选项？
另外，我还想批处理。。。
还请大侠指导！
下面的图是我转换的苯酚，怎么就少了一半？
另外我转个环己烷吧，回头一看就是五个碳的奇怪的环。

感谢 yalefield 同学，问题解决。
在input和output之间convert的条件选上generate 3D coordinate就可以了。至于去氢好像不太影响，就是显示问题。
还有听说这个软件有批处理的功能，我再研究研究。
做计算的人如果想要转换SMILES到结构，这个软件还是不错的。
也有在线的ONLINE SMILES TRANSLATOR, 也很方便。

[ Last edited by mingdong on 2009-11-15 at 22:53 ]

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1楼 2009-07-24 17:10:40

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zjqfree

木虫 (著名写手)

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★
hongchen973(金币+1):谢谢参与

不会用，长见识了

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海阔天蓝，美丽自然。

15楼2009-07-27 21:17:51

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yalefield

金虫 (文坛精英)

老汉一枚

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★ ★ ★ ★ ★
hongchen973(金币+2):谢谢参与
hongchen973(金币+4,VIP+0):谢谢~~~我的是windows版本，去氢和generate3d都选上就好了。谢谢。 7-28 14:48

贴出来看。

不要图，图（Image）没有用。
（对软件来说，图是死胡同，有去无回）

(1) 把你的SMILES串c(ccc1O)cc1存成myring.smi文件

(2)

CODE:

babel –d –ismi myring.smi –omol myring-3d.mol ––gen3d

别忘了--gen3d，两个减号！
那个-d是避免产生H原子

(3) 看看myring-3d.mol怎么样：

CODE:

 OpenBabel07250900193D

  7  7  0  0  0  0  0  0  0  0999 V2000

   -1.3661   -0.0797    0.0135 C   0  0  0  0  0

   -0.7367    1.1661    0.0036 C   0  0  0  0  0

    0.6552    1.2426   -0.0235 C   0  0  0  0  0

    1.4086    0.0736   -0.0407 C   0  0  0  0  0

    2.7667    0.1937   -0.0674 O   0  0  0  0  0

   -0.6029   -1.2481   -0.0037 C   0  0  0  0  0

    0.7913   -1.1738   -0.0309 C   0  0  0  0  0

  1  2  2  0  0  0

  1  6  1  0  0  0

  2  3  1  0  0  0

  3  4  2  0  0  0

  4  7  1  0  0  0

  4  5  1  0  0  0

  6  7  2  0  0  0

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