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smz183

新虫 (正式写手)
60金币
小白求助
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做转录组可变剪切，两段序列，其中一段短的是跟长序列中的一段完全重复，想知道短序列的表达，除了在长的特异的地方和短序列设计引物，做qpcr，做减法。还有其它办法吗，如果有这样减的也可以，其中遇到了一些问题，求助

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1楼2020-10-27 08:44:35
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用户晓晓

木虫 (正式写手)
★
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1，首先第二段序列不可能与长序列中的一段完全一致，这样的话二代测序是不可能获得短的转录本的。且极有可能短序列就是不完整的片段，不是一个完整的转录本。

2，不同转录本之间一定存在不同的序列，一般是根据特异的序列来设计引物定量。

3，当然很有可能两者之间的差异不足以设计引物来分别定量，那么常用的方法就是通过加减的方式来计算每个转录本的表达。

4，加减的方式其实有非常大的弊端，即未知的转录本会直接影响结果的准确性。那么此时更有效的应该是三代测序或者RNA直接测序来分别进行不同转录本表达量。
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16楼2020-10-28 22:16:12
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何超小2楼
2020-10-27 08:49   回复  
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ykzzldxx3楼
2020-10-27 08:53   回复  
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alyb4楼
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grxbc5楼
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General_hb6楼
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蓉蓉番薯7楼
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tzynew8楼
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lyulixingkun9楼
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encryption10楼
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ro1111楼
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ke19519512楼
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xn800813楼
2020-10-27 11:38   回复  
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GRUBBY_WU14楼
2020-10-28 07:08   回复  
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