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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

[交流] 『help』A类错误。。。。

最后检查cif 的时候,有如下a类错误,请高手帮忙建议如何消灭之。。。

Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   2.415
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       2.41      
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       5.64 Ratio
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...      10.00 Ratio
PLAT305_ALERT_2_A Isolated Hydrogen Atom (Outside Bond Range ??)          H26     
PLAT353_ALERT_3_A Long    N-H Bond (0.87A)   N4     -   H12    ...       1.26 Ang.
PLAT761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?
PLAT762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?


多谢多谢多多谢!
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There is a will,there is a way.
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yy0520yy

金虫 (职业作家)

等高手给你解释一下吧,我只看出来你的CIF文件好像不全啊,好像还得好好精修一下啊!
2楼2009-07-22 07:41:01
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244073931

至尊木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   2.415
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       2.41      
没有收敛,需要多修几轮,即可
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...       5.64 Ratio
PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent    H     Ueq(max)/Ueq(min) ...      10.00 Ratio
热参数比太大,可用命令isor 0.01使之减小或进行无序处理

其他的是加氢错误(特别是H的方向),删除后重新加氢
3楼2009-07-22 07:50:07
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etongtong

铁杆木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我看:主要问题在加氢
1 INS文件中加入bond $H
2 所有氢建议理论加氢
3 注意收敛。
▄︻┻┳═一................................................
4楼2009-07-22 09:08:42
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Inorg@USF

木虫 (正式写手)

谢谢大家都帮忙解释。
我的case是,在残峰我找到了所有的H原子。问题是有两个氢原子每轮XL之后,这两个H位置不固定。有没有方法可以固定它们,包括H-N键长在合理范围之内。

多修几轮到收敛,请问如何判断之,是看wR2 和maximum shift/esd么?

多谢!
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5楼2009-07-22 11:41:42
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xi2004

至尊木虫 (职业作家)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
看样子你的数据没有好到可以修正氢.

如果不是特别必要, 建议理论加氢.

如果是从残余峰找到的氢, 可在xp中用himp的命令使之距离合理,
比如 himp 0.85 h1
然后在.ins文件中还是加AFIX 3 , Ueq用-1.2或-1.5的好.
xi2004-emuch@163.com
6楼2009-07-22 12:02:03
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