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叶寻

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[求助] 小白请教前辈如何确定自己分离的致泻大肠杆菌所属类群?

各位虫友好,我实验室分离了一株致泻大肠杆菌,现在想知道它是什么型。
查阅文献结果:致泻性大肠杆菌( diarrheagenic E. coli, DEC)。肠道致泻性大肠杆菌依其致病机制、临床表现、流行病学特征和血清学分型,可分为5个群:肠致病性大肠杆菌(enteropathogenic E. coli,EPEC)、肠产毒性大肠杆菌(enterotoxigenic E. coli,ETEC)、肠侵袭性大肠杆菌(enteroinvasive E. coli,EIEC)、肠出血性大肠杆菌(enterohemorrhagic E. coli,EHEC)、肠聚集性大肠杆菌(enterohemorrhagic E. coli,EAEC)。有国内外文献根据大肠杆菌中所含有的毒力基因的情况来进行分型,但是相关文献较少。目前进行了二代测序,发现含有EPEC的ent族基因(肠毒素基因)和EHEC的hlyB(溶血素基因),同时也有16srRNA的进化树结果。
       想请教各位应如何准确定义该菌,是否需要进行血清型测定,或者用示例中的表述方式;例如:ETEC strain SEC470 (F18, LT+, STa+ and STb+),作为一名小白也不清楚这里写的菌株号如何获得。 另外还想请问致泻性大肠杆菌的分型是否有公认的方法?
       感谢各位前辈不吝赐教!!

小白请教前辈如何确定自己分离的致泻大肠杆菌所属类群?
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biosci

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不要用16s结果做进化树,要用全基因组序列为出发数据做进化树。

发自小木虫Android客户端
2楼2020-10-10 08:40:15
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叶寻

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引用回帖:
2楼: Originally posted by biosci at 2020-10-10 08:40:15
不要用16s结果做进化树,要用全基因组序列为出发数据做进化树。

感谢回复,请问能具体介绍一下吗?或者有什么文献可以推荐阅读吗?
非常感谢!
3楼2020-10-13 09:17:46
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