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真核转录组测序
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| 想要做真菌的有参转录组测序，已经做了该菌基因组的de nove的二三代联用测序。但是有点不太明白，转录组测序平台使用的是二代测序平台，那基因组做三代测序有什么意义吗？ |
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6楼2020-09-25 15:58:04
kaixinbobo2楼2020-09-24 16:21:12
3楼2020-09-24 17:02:11
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我觉得你的描述中涉及到两个不太相关的问题，不应该两个问题混在一起讨论。1）二代+三代基因组测序是一个问题，二三代一起测，可以更好的assemble一个参考基因组。因为二代测序很准，但由于太短（最长一般也就2*250bp左右），很难解决基因组中的重复区域的assemble。三代测序虽然错误率比较高，但测序比较长，在assemble过程中可以起到指向标的作用，帮助解决重复区域拼接的问题。2）转录组测序可以用二代或三代，但转录本一般没有那么长（三代可以到1Mb以上），且三代的错误率比较高。因此目前一般用二代测序转录组。后续分析可以用常规流程：表达量定量、差异表达基因寻找、功能富集、网络构建等。 |
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4楼2020-09-25 09:09:07