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kaixinbobo

铜虫 (初入文坛)

[求助] 真核转录组测序

想要做真菌的有参转录组测序，已经做了该菌基因组的de nove的二三代联用测序。但是有点不太明白，转录组测序平台使用的是二代测序平台，那基因组做三代测序有什么意义吗？
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1楼 2020-09-24 15:09:59
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
三代测序read更长，有利于assemble参考基因组
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kaixinbobo
2楼2020-09-24 16:21:12
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kaixinbobo

铜虫 (初入文坛)
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2楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-24 16:21:12
三代测序read更长，有利于assemble参考基因组

那我们做的二三代联用基因组测序，还是二代测序结果为基础，三代测序只是做了进一步的完善。是这个意思吗？我有些搞不懂用二代三代联用获得的基因组测序数据是什么含义。而且既然转录组测序是二代的，那么用这种方法是如何进行分析的？非常感谢
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3楼2020-09-24 17:02:11
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by kaixinbobo at 2020-09-24 17:02:11
那我们做的二三代联用基因组测序，还是二代测序结果为基础，三代测序只是做了进一步的完善。是这个意思吗？我有些搞不懂用二代三代联用获得的基因组测序数据是什么含义。而且既然转录组测序是二代的，那么用这种方 ...

我觉得你的描述中涉及到两个不太相关的问题，不应该两个问题混在一起讨论。1）二代+三代基因组测序是一个问题，二三代一起测，可以更好的assemble一个参考基因组。因为二代测序很准，但由于太短（最长一般也就2*250bp左右），很难解决基因组中的重复区域的assemble。三代测序虽然错误率比较高，但测序比较长，在assemble过程中可以起到指向标的作用，帮助解决重复区域拼接的问题。2）转录组测序可以用二代或三代，但转录本一般没有那么长（三代可以到1Mb以上），且三代的错误率比较高。因此目前一般用二代测序转录组。后续分析可以用常规流程：表达量定量、差异表达基因寻找、功能富集、网络构建等。
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kaixinbobo
4楼2020-09-25 09:09:07
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kaixinbobo

铜虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by Creek0501 at 2020-09-25 09:09:07
我觉得你的描述中涉及到两个不太相关的问题，不应该两个问题混在一起讨论。1）二代+三代基因组测序是一个问题，二三代一起测，可以更好的assemble一个参考基因组。因为二代测序很准，但由于太短（最长一般也就2*25 ...

是这样，我们基因组测序用的是华大的BGI平台，但是其他公司使用的是Illumina平台。如果我们转录组想去别的公司去做，有的公司说，平台不一样，虽然可以分析，但是可能会有影响。有的公司说没有关系。所以就比较混乱。希望能指导一下。非常感谢！！！
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5楼2020-09-25 15:21:20
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Creek0501

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by kaixinbobo at 2020-09-25 15:21:20
是这样，我们基因组测序用的是华大的BGI平台，但是其他公司使用的是Illumina平台。如果我们转录组想去别的公司去做，有的公司说，平台不一样，虽然可以分析，但是可能会有影响。有的公司说没有关系。所以就比较混乱 ...

理论上讲不同平台测出的序列应该是一致的（本来就应该这样），但由于平台有各自的bias，所以测出的结果稍微不同。但这个不同对分析结果的影响有多大，我觉得在不同分析中可能不同，但总体可能没有那么大的影响。
此外，数据已经测了，如果不能重新测序（换成一致的平台），数据还是得分析，即不管有没有影响，你还是得做分析。
所以，我觉得先分析吧，具体的看分析结果。保持一致的平台，可能被质疑的概率小一些。
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6楼2020-09-25 15:58:04
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